在崇禎九年離開離開天津衛碼頭後，方以智和鄭芝鳳率領的船隊，在僱請的葡萄牙船長和水手的駕駛下，掉頭南下，並於二十天後駛入了中國南海，沿着當年鄭和下西洋的路線一路向西行駛。
由十艘大船組成的船隊航行近兩個月後，穿過了馬六甲海峽，駛入了浩瀚無邊的印度洋。
在經過了這兩個多月的船上生活後，船隊中四百名錦衣校尉以及數百名皇莊收留的孤兒，還有幾十名負責照料這些孩童的太監，從最開始滿是興奮和激動的心情，到現在的後悔和想家，大部分人的情緒已是完全翻轉了過來。
船隊在大明沿海航行時，由於風浪較小，這近千人的隊伍中只有少數出現了暈船的現象，其餘的大部分人並沒有什麼太大的反應，後來在泉州港補充過物質後，方以智還讓衆人上岸休息過一個時辰，大夥兒的心氣還是很足的，都對未知的世界充滿好新鮮和好奇。
但是在進入南海之後，風雲突變，在經歷過一次風暴洗禮之後，雖然船隊安然無恙，但八成的人已是嘔吐的站立不住了，很多人內心的恐懼感也開始加大。
好在自那之後的航程還算安穩，沒有再遭遇到太大的風浪，暈船的人很快便恢復了正常，原本的擔心和害怕也在逐漸消失。
進入印度洋之後，壯麗無比的大洋景色再次讓人們重燃鬥志，看到碧藍如洗的天空下，一望無際的藍色海水，水面上不時躍起的各種不知名的魚類，不管是錦衣校尉還是那些孩童們都是雀躍不已。
在葡萄牙船長請示過方以智和鄭芝鳳後，船隊在馬尼拉港再次停靠休整，並補充後續的淡水以及其他生活物資。
馬尼拉港的西班牙人對這隻大明船隊的到來表現出了深深的敵意，也就是在看到船隊懸掛的鄭家認旗後，才勉強同意船隊暫時停泊修整，隨後總督府便派來武裝士兵監視着船隊，並禁止無關人等上岸休息，鄭芝鳳一怒之下本待下船與其理論，但被方以智給制止住了。
方以智的理由很簡單，他們此行的目的不是來和別人幹架的，到達歐洲，並把聖上交代的差事完成纔是最緊要的，至於西班牙人的這種無理舉動，等回返後上稟即可，相信聖上和朝廷自有論處。
在花費了比別人更高的價格補充完給養後，船隊只在馬尼拉港駐留了四個時辰便拔錨起航，再次駛入了廣袤無垠的印度洋。
遵從朱由檢的旨意，除了正常的靠岸補給外，方以智和鄭芝鳳並未在沿途的小國多做停留，沒有像當年的三寶太監一樣到處宣揚大明的強盛和文明，他們只想着後面還有更重要的使命需要完成。
如果順利完成皇帝交辦的差事，他們的名字將會如三寶太監一樣，被銘記在青史之上。
因爲他們即將走的是在華夏曆史來說，一條前無古人的道路。
一百多年前三寶太監下的其實是南洋，而他們將會比前輩走的更遠，這次他們纔是真正的下西洋。
方以智和鄭芝鳳年齡相仿，因爲這次從未想到的任務，兩個平時素未交集的人走到了一起。
如果不是朱由檢穿越過來，在前世的歷史中，別說共事了，兩個人根本都不可能知曉對方的名字。
在經過最初時的互相輕視和禮節性的客套後，隨着時間的延長以及航路上的寂寞枯燥，同在領航船上的兩人之間，接觸和交流也慢慢多了起來。
在意外的得知，自己身邊這位舉止沉穩、儀表堂堂、舉止不凡的年輕人，居然是湖廣巡撫這種一方大員的公子後，鄭芝鳳在驚訝之餘，心中的敬佩之情油然而生。
他自幼便生活在海上，成人後一直跟在鄭芝龍身邊，稍大後自領一軍參與到各種火併和廝殺中去，對於海上的各種複雜情況自然是熟悉無比。
鄭芝鳳心裡明白，這種數萬裡的遠航全看個人的運氣，稍有不慎，很可能就會葬身於茫茫大洋之中。
這次的出訪本來他是可以拒絕的，但是在王承恩關於大哥的爵位是他兒子繼承的言論過後，經過一番內心的掙扎和思慮，鄭芝鳳決定搏一搏，看看能不能給自己最疼愛的幼子留下一份永世可享的榮華富貴，同時也向鄭芝龍證明，離開自己這位大哥，他鄭芝鳳也照樣能混的風生水起。
正是抱着這種複雜的心態，鄭芝鳳才慨然應命，接下來這個九死一生的差事。
從這幾年在京師的所見所聞來看，今上待臣下仁厚這說法已經被大多數官員所認同，只要自己能夠平安歸來，並將皇帝所希望的事情辦成幾件，封爵之賞有很大的希望。
可是令他感到奇怪的是，以方以智的家世和舉子身份，明明可以拒絕被徵召，可他偏偏要接下這份差事，甘冒奇險遠航歐洲，這種品性的貴公子在大明可真是十分地罕見。
隨着兩人溝通的加深，鄭芝鳳對這位翩翩佳公子也是越來越佩服。
方以智敏銳而冷靜的思維以及博學多識。讓鄭芝鳳對他的評價越來越高，甚至生出了讓小兒子拜這位大才爲義父的想法，不過在考慮到兒子已經有一位東廠掌刑千戶的義父後，這才把念頭收了起來。
方以智起初在得知鄭芝鳳的身份後，心裡便自然而然的產生出輕視和鄙夷的想法，對於形同割據的鄭氏集團，他也有所耳聞，在他的眼中鄭家不過就是海盜強梁而已，這種遊離於朝廷之外的勢力應該被清除，而不該被皇帝所信賴。
不過在接觸和溝通交流一段時間後，方以智對鄭芝鳳的印象逐漸發生了轉變，尤其在得知鄭家一年多來給朝廷大量捐輸糧米，力助朝廷撐過難關後，方以智對鄭家這種俠義的行爲表示了極大的肯定。
仗義每多屠狗輩。
雖說鄭氏的出身令人詬病，但他們的行爲卻比衆多衣冠禽獸、羽扇綸巾之人強出數倍，實屬值得大力弘揚的義舉。
自此之後，兩人之間的關係迅速升溫，而善於交際的鄭芝鳳也是處處刻意以方以智爲尊，經常向他討教對當前局勢的一些看法，並從中獲益良多。
在離開馬尼拉後，船隊繼續沿着印度洋東岸向西航行，大概繼續前行了半個月之後，葡萄牙船長帶着通事找上了方以智和鄭芝鳳，申請嚴峻地告知兩位明國官員，希望他們通知船隊其他人員，用繩索將自己捆在船艙之內，平時一律不得踏上甲板。
再過兩天，船隊即將通過常年巨浪滔天的風暴角（好望角），所有人是生是死，全在接下來的這幾天。