段祺瑞罷免陸榮廷、陳炳焜、譚浩明的命令需要總統蓋印，馮卻予拒絕，他委婉地說他不願看到事態擴大。
但是，他又不敢堅持己見。見段祺瑞反應強烈，於十月二十日還是下令，罷免廣東督軍陳炳焜，派李耀漢兼署廣東督軍，莫擎字會辦廣東軍務，李福林接任廣惠鎮守使。
十月三十日，段內閣又加授李耀漢爲陸軍上將銜，莫擎宇升任爲陸軍中將。
李耀漢、莫擎宇和李福林都是廣東地方派軍人。原任廣惠鎮守使莫榮新是桂系大將，這是段在利用廣東地方派來反對桂系。
馮國璋把罷免陸榮廷的命令留中不發，使段祺瑞大爲不滿。
他退了一步，再度擬好了三道命令送給馮。一是調陸榮廷爲寧威上將軍，着即迅速來京；二是特派龍濟光接任兩廣巡閱使；三是責成新任廣東督軍李耀漢嚴令桂軍開回廣西。
段一方面催促馮蓋印，一方面派人到處散播要政變和驅逐總統的謠言。
十一月六日，這三道命令在馮國璋面前放了好半天后，他終究還是蓋了章送交印鑄局發表。身邊的人從沒見他臉色這樣的難看，一時間沒有人敢和他說話。
此時此刻，馮才深切體會到，黎元洪當這個有其名而無其實總統有多窩心。他有些後悔入京當這個空頭總統，氣得晚飯都沒有吃。到了半夜，實在不甘心，又派人到印鑄局把三道命令追了回來。
段祺瑞第二天未見到總統命令發表，一問印鑄局，才知被總統追回，大爲光火。便於上午親入公府見總統。他見到馮後，一點不留面子，聲色俱厲地責問馮，爲什麼講好發表的三道命令又要變卦，一個總統怎能這樣的出爾反爾？
馮面對着這位氣勢洶洶的總理，無言以對，只好答應第二天發表。待段走後，馮又把命令交到印鑄局。
桂系本以爲有直系爲後盾，便不把孫中山和國民黨放在眼中。見到了馮國璋發佈的處置陸榮廷等命令後，才知道直系這個同盟者是不可靠的。形勢逼人，桂系只能回過頭與孫中山和國民黨合作。
在傅良佐帶北軍入湘時，北京政.府就同時指令閩、贛、浙省軍隊和瓊州龍濟光部，對粵“同時並舉，協力進攻”，以策應湘省作戰。
其攻粵部署是：龍軍直取欽（州）、廉（州）、高（州）、雷（州）地區，東圖廣州，並切斷粵桂通路；福建派兩混成旅沿汀江入粵，進佔嘉應州（治今梅州市）、惠州（治今惠州市）地區，西攻廣州，江西派一混成旅逾大庾嶺，入韶州（治今韶關市）地區，南攻廣州，形成三面夾擊之勢。
十月二十三日，被北洋系收買的廣東潮梅鎮守使莫擎宇，宣告潮梅鎮“對省獨立”。與廣東省政.府脫離關係，直接聽命於北京政.府，並立即派兵攻打惠州。
莫擎宇發難興兵，爲北洋政.府大舉圖粵製造了契機。
十月二十四日，閩督李厚基在段政.府授意下通電支持莫擎宇，並令汀漳鎮守使兼北洋第十四混成旅旅長臧致平率兵十營進援。
此後不久，龍濟光也由瓊州出兵，抄襲粵省側背。
於是，段系軍隊攻粵之戰全面展開。
一九一七年十一月十日，陸榮廷在梧州召開軍事會議，討論粵省防衛和作戰計劃。參加會議的除桂系要員外，還有孫中山的代表胡漢民、海軍總司令程璧光、廣東省長李耀漢等。
到了這個時候，軍政.府在桂系這裡，纔有了發言權。會上，軍政.府代表提出應將屢與軍政.府爲敵的廣東督軍陳炳焜調離，並要求將已編爲警衛軍的原省長朱慶瀾的二十營軍隊，重歸陳炯明統帶。
陸榮廷當即表示“讓步”，建議調陳炳焜爲討龍軍總司令（後改爲李烈鈞），但同時要求陳炯明率所部二十營協助攻閩，藉以削弱軍政.府的勢力。
會議推舉陸榮廷爲兩廣巡閱使兼廣東督軍，陸自稱“年老多脖”，派其親信、原廣惠鎮守使莫榮新代理廣東督軍。
桂系不在倚賴直系而謀自救之道，是正確的選擇，因爲馮國璋在北京處境艱難。特別是當北軍在湖南和四川都傳來捷報，段祺瑞認爲武力平南已非難事，要緊的是去除掣肘之憂。於是，皖系中便有“政變倒馮”和“合法驅馮”兩種不同的意見。
政變倒馮是由段祺瑞的幕僚提出來的，步驟是倪嗣沖和張作霖宣佈獨立，在天津設立臨時政.府。推徐世昌爲大元帥代行總統職權，然後進兵北京，迫馮下臺。而後成立臨時參議院爲代立法機關，修改《國會組織法》與兩院議員選舉法，根據這些新法召集新國會正式改選總統。
政變倒馮的計劃很誘人，但是馮不是黎元洪，馮有長江三督爲後盾。如果倪嗣沖和張作霖發難，長江三督一定以武力相抗。
這樣一來，西南的外患未除，北洋反而自己和自己打起來了，同室操戈不是讓西南更有機會可趁嗎？
至於在天津組臨時政.府，還不如廣州的軍政.府合法。對方有國會，有護法之名，天津組臨時政.府算什麼呢？如果把直系逼上梁山，和西南聯合起來，情況就更難想像了。
段祺瑞再怎麼煩馮，也不敢走這一條路。
這時候的他，不知有沒有想起黎元洪當大總統的好，是不是後悔當初沒聽張國淦的話呢！
正當西南紛擾不定，府院之爭不解，關外又發生內亂。先是黑龍江，然後是吉林。
黑龍江的內亂，要從督軍兼省長畢桂芳說起。
畢桂芳，字植忱，又作植承。北京大興縣人。滿族旗籍，民國時乃自承姓畢。少時卒業同文館，後留學俄國，諳習俄文。曾任駐俄公使隨員、北洋洋務局隨辦。
中華民國初年，帝俄極力煽動外蒙反叛。黑龍江省都督兼民政長宋小濂治邊有力，遭俄嫉恨，一九一三年七月沙俄迫使北京政.府將其調離。
袁世凱以畢桂芳嫺於俄事，令其護理黑龍江省都督兼民政長。
同年十月末，又將畢桂芳調回北京，任總統府高等外交顧問。
一九一六年五月三日朱慶瀾奉調晉京，北京政.府特任畢桂芳護理黑龍江都督兼巡按使，在畢未到任前，由黑龍江省陸軍第一師師長許蘭洲暫時護理該職。
五月十九日畢桂芳到任視事。六月六日袁世凱死，七月段祺瑞政.府任命畢桂芳爲黑龍江省長兼署黑龍江督軍。
這個畢桂芳有兩大特性，一是怕太太，唯太座之命是從；二是萬事不打理，綽號“畢不管”。他雖然萬事不管，可是運氣好，官運亨通，竟一步一步爬到了黑龍江督軍兼省長的高位。
“畢督軍”在黑龍江趣話甚多。
一九一七年三月十四日，中德絕交消息傳來，黑省人心浮動。這天恰好是“畢督帥夫人”尚氏的華誕。民政廳長先期通知全省各縣縣長、各金礦局局長、省會各機關首長爲夫人祝壽。
第一旅旅長巴英額、騎兵第四旅旅長英順攜帶大宗禮品進省。省會警察廳傳諭全城商民，一致懸旗掛彩祝壽。
“畢夫人”在督署花園大宴賓客，且傳召妓女侑酒，著名的永安裡香巢名妓傳召一空。席間妓女以清唱酬客，這位“畢夫人”懂得的還真多，哪位妓女唱的有錯她還能當場糾正。有的時候興致大發，她還要合上幾句。一時間，督署花園大宴裡淫笑之聲鼎沸。
席散後有名伶彩排，“夫人”親自點戲，命傅寶蘭演新安驛。這齣戲代洞房一節因劇情猥褻，北京內務部曾下令禁演，有人好意提醒。
可“畢夫人”卻滿不在乎，說：“一定要演這全劇最精采的一段”。
於是，滿場便響起一陣喝彩叫好聲，“畢夫人”也就越發得意。
都知道人在興頭上好說話，也好辦事，有人就等着這樣的機會。
撤職聽候查辦的泰來縣縣長張毓華也登門拜壽，這位縣長三跪九叩大禮，禮畢長跪不起。
“夫人”笑着問：“你爲什麼不起來？”
張仍伏地不起，用沉重的聲調說：“本縣士紳誣告卑職，請夫人作主。”
“畢督帥”聽了，滿含笑容站起來用手攙他說：“小事小事，用不着夫人作主，我代夫人給你開恩，你好好回任當差吧！”
在袁世凱執政期間，奉系軍閥張作霖爲了擴張勢力，曾拉攏黑龍江省陸軍第一師師長許蘭洲，排擠畢桂芳。早在一九一六年五月，張作霖致電袁世凱政.府阻止畢桂芳到黑龍江就職，請以許蘭洲爲黑龍江將軍，只是未能如願。
許蘭洲在黑龍江盤踞二十年已形成勢力，對幫辦軍事的職位十分不滿，“倚張作霖爲援，素薄桂芳不習軍事”，久已欲取黑龍江督軍地位而代之。
一九一七年五月末，因段祺瑞總理被黎元洪免職，張作霖擬聯合吉、黑二省和奉天一起宣佈獨立，當時黑龍江督軍畢桂芳持穩健態度，沒馬上表態。