隨着煙霧的散去，卷軸上竟然堆滿了各種奇形怪狀的大蛇屍體，其中有長着四隻腳的大蛇，有長着多個腦袋的大蛇，也有全身佈滿木質鱗片長着翅膀的大蛇，還有形狀類似傳說中神龍的巨蛇等等，總之這些大蛇的屍體就沒有一個正常的。
“這...這是什麼？”團藏驚疑不定的問道。
“這些都是我實驗的產物，我想通過將一代的細胞植入動物體內，看看動物能否以此來掌控一代曾經擁有的力量，但可惜的是，一代細胞的力量實在太過強大，這些用來做實驗的大蛇都承受不住其中的力量，最終爆體而亡。”大蛇丸略有遺憾的解釋道。
“你只是用動物做過實驗嗎？”團藏眼睛微眯的看着大蛇丸，然後試探着問道。
“這項實驗我纔剛進行不久，所以還沒有找到其他適合的實驗體，而且你覺得我如果用其他實驗體，那個老頭子還會任由我這麼做實驗嗎？”大蛇丸淡淡的回道。
“那你覺得如果將這個細胞植入人體之內，會發生怎樣的變化？”團藏繼續問道。
“根據我的推算，就算是人體，能夠承受初代細胞力量的實驗體應該也是百里...哦不，千里挑一，不過，相對於初代那令人嚮往的力量，這種賭博值得一試！”大蛇丸如實回道。
“千里挑一麼...”聽完大蛇丸的話，團藏不禁陷入了沉思，似乎在思考着這種實驗的可能性。
“確實值得一試！”
片刻之後，團藏對力量的渴望終於戰勝了自己的理智，然後他立馬擡頭看向大蛇丸，然後說道：“如果我能夠給你提供所有理想的實驗環境和實驗材料，你可否願意與我合作？”
“呵呵，如果不跟你合作的話，我怕是不但不能繼續進行實驗，就連木葉也肯定待下去了吧？”大蛇丸淡笑着問道。
對此團藏卻沒有進行任何回答，只是不置可否的一笑。
“不過我如今一個人做實驗確實束手束腳，如果再失去了木葉的庇護，我的實驗恐怕更難以進行下去，所以我思來想去，都沒有任何拒絕你的理由。”大蛇丸僅僅思考了幾息時間，就痛快的答應了團藏的合作請求。
“很好，希望我們能夠合作愉快，共同爲村子的壯大而努力。”聽到大蛇丸同意了合作，團藏心中輕輕的鬆了一口氣，然後主動伸出手與大蛇丸握手。
“合作愉快。”大蛇丸也伸出白皙的手，與團藏握在了一起。
於是屬於木葉兩個最黑暗的人，就這麼狼狽爲奸的勾搭在了一起，而魂葉則作爲一個旁觀者，在一旁親眼見證了這一幕。
“話說團藏大人真是好有魅力，竟然連魂葉君這種人才也能被您收服。”大蛇丸與團藏達成合作關係後，突然將目光投到了一直保持沉默的魂葉身上，然後微笑着說道。
“團藏大人的遠見博識是我遠遠不能及的，只有跟隨着團藏大人的腳步，我才能將所有力量更好的發揮到保護木葉的作用上。”魂葉一聽就知道大蛇丸在挑撥她與團藏之間的關係，於是立馬臉不紅氣不喘的給團藏拍了一個馬屁。
“魂葉君真是有趣，每次都能給我帶來很多驚訝。”大蛇丸饒有興趣的盯着魂葉說道。
“好了，今天的事情就先到此爲止吧，後續老夫會派人協助你建築新的實驗室。”團藏主動出言打斷了大蛇丸對魂葉的試探，不管怎樣，團藏對於自己施展在魂葉身上的封印還是十分放心，暫時不會擔心魂葉的忠誠問題。
說完這些，團藏就帶着魂葉和暗直接離去，只留下大蛇丸一個人繼續留在實驗室，眼神閃爍不定的陷入了沉思。
接下來的日子中，團藏開始指揮根組織全力給大蛇丸建設的新的實驗室，不過對外他只是宣稱是建設根的基地，所以其他人暫時都不知道他已經與大蛇丸達成了合作關係。
而爲了替大蛇丸尋覓實驗素材，魂葉等在根組織負責當打手身份的人員，都被派出去收集素材，而這所謂的素材，其實更多是一些活人。
要收集這些活人的渠道有很多，可以從鄰國抓捕一些忍者，或者從火之國境內的土匪窩中抓捕所有土匪，而這些素材中，團藏最在意的確實那些不到五六歲的幼童。
這些幼童有些即聽話又有資質的被團藏挑選出來進行培訓，作爲以後根組織的爪牙，但大部分的卻被團藏留下來做爲了大蛇丸的實驗體，而這項實驗就是柱間細胞的移植實驗。
就在根組織與大蛇丸在木葉地下進行着慘無人道的實驗的時候，木葉村中卻是喜事連連，先是朔茂與邁特戴接連生了兒子，而他們的兒子自然就是日後大名鼎鼎的拷貝忍者卡卡西，與凱皇邁特凱。
只不過美中不足的是朔茂的妻子生下卡卡西后，就因爲難產大出血去世了，於是卡卡西剛一出生就失去了母親。
而他們生了兒子後又過了不久，朔茂就在雨之國的戰場上遭遇了幸吾夫婦，也就是蠍的父母，最終兩人還是逃脫不了宿命，死在了朔茂的手中，而朔茂也憑藉這場戰鬥成功打響了名號，木葉白牙的名號開始漸漸傳開，成爲了戰場上令敵人聞風喪膽的存在。
雨忍村的半藏見到雨忍村的堅持不但沒有給木葉帶來任何麻煩，還成就了木葉中越來越多的天才，無奈之下，他終於答應了木葉的和談，於是雨忍村與木葉的戰爭在歷經了兩年的時間後，終於徹底結束。
似乎受到木葉與雨忍村戰爭結束的影響，雷之國與土之國的戰爭在持續了兩年後，也終於以兩敗俱傷收場。
於是這場涉及到五大國與雨之國的第二次忍界大戰，就這麼以所有國家都互有損失的結果落下了帷幕。
在第二次忍界大戰中，雨之國可謂損失最慘重，國家基本處於被摧毀的狀態，就算木葉的部隊撤走了，但雨之國中依然有着各方勢力進行着混亂的廝殺，最終受苦的只有那些貧苦的百姓。
不少的百姓都在戰鬥中失去家園，流離失所，甚至被活活餓死。
至於五大國雖然國土都沒有變化，但卻都損失了很大一部分兵力，而水之國雖然一直沒有進行大規模的戰爭，但派入火之國境內的暗部部隊卻基本死傷殆盡，除此之外，他們還丟失了兩把重要的忍刀。
不過各個國家在這場戰爭中損失慘重的同時，也得到了很多意外的收穫，因爲在這場戰爭中，很多年輕一代經過了戰火的淬鍊後，已經逐漸成熟，並漸漸成爲各自村子中的中堅力量，其中以火之國最爲明顯。
火之國木葉村前有魂葉大戰半神半藏，幾乎是一夜成名，後有三忍再次藉着半藏成名，而在二戰的後期，朔茂的木葉白牙名號也逐漸顯現，成爲了令敵人聞風喪膽的人物。
與火之國狀況相反的則是風之國，他們在這次的戰場上雖然部隊損失不大，但好不容易培養出來的三個年輕精英，卻一下損失了兩個，最終只留下伊鐵這個獨苗，導致風之國青黃不接，二戰過後國力開始越來越弱。