袁術對秦誼也是非常器重，將自己收養的一個宗室女送給秦誼，爲炫耀自己的軍力安排秦誼到自己麾下大將孫堅部中觀戰。
秦誼便來到樑東孫堅部，恰逢孫堅出營會戰董軍部將徐榮。秦誼對留守的孫堅長子孫策說道：“徐榮用兵狡詐，孫公可能會失敗，我們最好提前做好應對接應孫公，說不準還能反敗爲勝！”
孫策準備在孫權的撤退路線上設伏，但是秦誼卻是執意定在另外一條路線上埋伏，並對孫策說：“徐榮狡詐，必定會堵截孫公的退路，到時候孫公未必能夠按照預定路線撤回來，我看戰場的地勢，到時候孫公可能會在逼迫之下從小道逃回！”
孫策於是按照秦誼的想法佈置埋伏，結果孫權兵敗之後被徐榮逼迫，只能朝着小路逃命，正好帶着徐榮的追兵撞到了秦誼的埋伏圈中。徐榮部遭受埋伏後大亂，孫堅也是帶着潰兵反殺一波，最終反敗爲勝。
當聽聞孫堅依靠秦誼反勝之後，袁術也是稱讚道：“如果不是秦誼，那麼我就要被袁本初這個傢伙給嘲笑了。有秦誼這樣的一個兒子，即便是死了也會很開心的！”
7、回鄉隱居
秦誼輾轉多地，見識了酸棗、河內和魯東三處討董聯軍的作爲，心下失望，也是選擇回鄉隱居。
原平豪強趙氏，與秦氏之間頗有仇隙，聞聽秦誼歸鄉，族長趙盛對族中子弟說道：“秦文合如今不足二十便已經名滿天下，等他年紀大了以後，豈不是能夠做到三公九卿，將來還有我們的活路嗎？”於是趙盛便勾結雁門郡的烏桓人，在秦誼出門時襲擊他。
當時秦誼身邊僅有十幾個人，但是烏桓人卻是有一百多人。多虧了典韋和黃忠陪在秦誼身邊，典韋在前面用戟拼殺，黃忠在後面用弓射擊，前後殺掉了五十餘名烏桓人，這才讓秦誼脫身。
秦誼查明是趙氏在圖謀自己，卻並沒有馬上發作，卻是明言要招收學生，傳授學業。原平縣中的豪強世家紛紛前來拜會秦誼，席間秦誼卻是將趙氏謀害自己的事情說出來，原平豪族們義憤填膺，紛紛表示願意相助秦誼討伐趙氏，最終趙氏也是被秦誼滅族。
當時天下紛擾，原平縣令高崇多次拜訪秦誼，認定只有秦誼才能安定原平，秦誼在多次邀請之後，也是註定出來爲父老鄉親多做一些事情。
8、胡笳退敵
雁門太守王澤想要重修定襄長城，徵發郡中百姓前往定襄修理長城。原平縣中百姓因爲徭役繁重，大多不願意前往。秦誼卻覺得接下來天下將會大亂，邊郡將得不到朝廷的支援，重修長城抵禦鮮卑人很有必要，出面說動縣中百姓服此徭役。
秦誼利用滑輪等簡易機械，在極短的時間內修復了善無長城，並且製作了幾具八牛弩，瞄準鮮卑大人可能登高遠望城牆的地方。當鮮卑大人魁頭帶領各部貴人遠窺善無長城，秦誼發動八牛弩，斃傷多名鮮卑貴人。
魁頭無法擊破善無長城，轉而向鄰近的中陵縣跑去，在那裡與王澤的雁門邊軍發生激戰。秦誼雖然過來支持，但是情勢對漢軍越發不利。
秦誼覺得漢軍情勢不利，但是魁頭部的情況同樣不好，於是在軍營中用胡笳吹奏起鮮卑人的曲子來。當聽到秦誼吹奏的曲子後，鮮卑人也是心生思鄉之情，從中陵撤軍。
9、保境安民
初平二年（191年），佔領上黨的張楊，接受雒陽朝廷河內太守的任命，移鎮到河內，將原先的上黨分給了之前的部衆，準備前往沾縣任職的秦誼也是被張楊分了一個壺關。
張楊軍軍紀不好，留在上黨的部衆多有害民之舉。在接手壺關之後，秦誼也是邀請張楊的部下嚴剛、孫亮和劉尚到壺關一敘，趁機誅殺了嚴孫二人，劉尚則因爲沒有害民之舉被秦誼赦免。秦誼經此收編了這三人的部衆，佔據了上黨壺關北面幾個縣。
緊接着秦誼打出“保境安民”的旗號，剿滅境內的盜匪，甚至還出兵解決掉爲禍太原的大盜商曜，名震幷州。
與此同時，南匈奴準備進攻西河郡，西河太守崔鈞向雒陽和太原求援不至，只好向秦誼求救。秦誼盡起手下戰兵，又聯絡太原士族，最終湊出了一支一萬人的聯軍，前往西河抵擋匈奴。
面對着數倍於己的匈奴大軍，秦誼沉着指揮，在藺縣利用馬具騎兵大破南匈奴大軍，斬俘兩萬餘人，將南匈奴趕出長城並迫使南匈奴臣服，同時趁勢收復被匈奴佔據的上郡。
經過此戰，秦誼聲名大振，幷州士人豪強無不傾心。
10、長安風雲
秦誼一直沒有忘記董卓的殘暴統治，組織了一支精銳士兵準備到長安去暗殺董卓，因爲相信王允並不真心投靠董卓，也是提前找王允商議，結果知道王允也在謀劃刺董，加入到這個團隊之中。
初平三年（192年）四月二十三日清晨，秦誼和呂布等在北掖門外暗殺掉董卓，秦誼因功被封爲上黨太守，都亭侯，討逆將軍。
殺掉董卓之後，王允控制朝政大權，也是想要盡誅涼州人，甚至連秦誼的老師蔡邕也不肯放過。秦誼多次找王允求情，曉之以情動之以理，都不能讓王允改變自己的心意。
在一次勸說王允失敗之後，秦誼氣憤得拔出自己的佩劍斬斷了桌角，說道：“王公如此剛愎自用，絕對是國家的禍患，恐怕沒幾日西涼人就要殺到長安來了！”
然後秦誼便帶領自己的部曲從雒陽獄中將蔡邕劫走，城門校尉崔烈與秦誼有舊，也被秦誼強行帶走。
正如秦誼所預料的那樣，王允的政策果然激起董卓餘部的反抗，六月李傕與郭汜率領的涼州軍攻破長安城，太常種拂、太僕魯旭、大鴻臚周奐、越騎校尉王頎等人壯烈殉國，王允被圍困在皇宮中，最後也是慘遭殺害。