《孢子》的世界觀相對而言其實是一個相對簡單的故事，遊戲機制纔是最大的設計難點。
一款遊戲裡面要包含多種玩法類型：
1、孢子階段
2、野獸階段
3、部落階段
4、文明階段
5、星際階段
這五種階段相互之間還需要有聯繫和遞進，上一個階段的某些屬性或者能力要集成到下個階段的初始，在每個階段的過程中也需要有多次進化，不過這裡的每次進化不像是一般的遊戲裡面有等級成長然後分配屬性點，主要還是依靠每個階段特殊的設定。
在孢子階段，也就是遊戲的最開始，所有的玩家扮演的是一個單細胞動物，出生在海洋之中，然後通過不斷的吞噬來獲得成長。在成長的過程中可以獲得不同的組建，比如嘴器——一種進食器官，有三種，分別是素食嘴器，肉食嘴器，和雜食嘴器。雜食嘴器的獲得難度最大，畢竟很難獲取。
角色的速度由鞭毛、脊等幾種，最重要的是攻擊型器官，有電擊囊、刺針、嘴鉗、毒囊等多種。玩家需要操作角色來吞噬其他的動物或者是植物，然後獲得成長，最終讓自己的組件越來越多，角色也就越來越強，等到階段的最後，就可以操作角色從海洋中走出來，走上陸地，進入野獸階段。
第二個階段是野獸階段，玩法就已經不是那麼單一了。玩家根據自己的在海洋生物時候的一些器官來決定這個時候的野獸性質，比如肉食性動物肯定具有很強的攻擊型，而素食性動物則是擁有社交屬性。不同的屬性玩法是不一樣的，可以對其他不同類型的生物攻擊或者是攻略。這裡攻略是通過一些社交行爲達成一定的友好度，從而將其變爲自己的“小弟”。
玩家操縱的野獸需要不斷的攻略或者滅殺其他的族羣來獲得他們的特殊器官，不斷的強化自己。攻擊方式有多種多樣，如噴射攻擊、撕咬攻擊、衝撞攻擊等，其中噴射攻擊就是繼承自海洋生物時代的毒液囊器官。而取悅其他的生物同樣也可以獲得他們族羣的特殊器官，取悅的方式自然也分爲多種，有唱歌啊，跳舞啊，散播誘惑氣息等。每個生物的種羣有多個，必須要攻略超過五個甚至更多才能獲取他們的特殊器官。
這裡當然還有在大陸上到處散落的各種不知名的器官，有些器官甚至是某些大型生物的，十分的強力。在大陸上還有很多無比強大的生物，在玩家角色不過寥寥幾十生命值的時候，那些大型生物往往上千血量，稍微不小心碰到了一腳，就會讓角色嗝屁掉。不過你可以遠遠的跟隨，如果兩個史前生物相遇，他們發生了戰鬥，兩虎相爭必有一死，到時候你就可以偷偷上去撿漏，一些特殊而強大的生物組件如果被撿到了就發達了。
當然玩家的角色也不是單打獨鬥，可以通過求偶獲得伴侶然後生下來自己的子孫後代，成爲自己等跟隨者，一起戰鬥，一起攻略其他的生物羣落。如果你的角色死亡，而你原本的生物羣落已經不知道哪裡去，你還需要跋山涉水去尋找你的種羣。要千萬記住兩點，不要靠近巨型生物，不要靠近海邊，當你離開海洋的時候，那裡已經發生了驚天的變化，一些巨型生物的出現，連史前生物都能被吞噬掉。
當積累了無數個年月，當你已經成爲這片大陸上當之無愧的最強生物的時候，你可以進化至部落階段了。
這就是第三個階段，但是和你同樣進化至部落階段的可不止你們一個族羣，還有其他不知道爲什麼在地上爬着的生物也能進化至部落。而你需要做的，是將他們的部落圖騰收歸自己，無論是通過戰爭的手段還是通過懷柔的手段。
就好像是在玩一個簡單的rts遊戲一樣，你需要生存，就需要去儲集食物；儲集食物的方式有多種，可以採集樹上的水果，也可以到海邊去釣魚，當然也可以獵殺尚未進化至部落階段的其他生物來獲取肉食；如果你有耐心的話，甚至可以去馴化一些生物，把它們豢養在圈子裡，隔一段時間就能獲取一定量的食物。
在這個階段，你的力量已經不僅限於自己身體了，可以使用一些工具，上面說的魚竿就是其中的一種；有進攻型攻擊，比如飛矛和木棒，對了斧頭和火把也是必須要有的工具；當然也可以有一些其他的工具，音樂是主要的社交的工具，有笛子、鼓、陶壎等。那邊可以將一個部落裡的生物全部滅殺以獲得他們的圖騰，也可以通過樂器的方式來取悅他們，讓他們心甘情願的把自己的部落圖騰雙手奉上。
在這個過程中你必須要不斷的儲存食物，然後不斷的生小寶寶來擴充自己的部落實力。一些新生的部落，剛一出現就會對玩家角色的部落滿是敵意，如果是軍事主義者，直接派十來人的大軍二話不說上去幹就成了；但是如果想要通過社交的方式來獲得圖騰，那就需要先用食物收買他們獲得基礎的好感度。
這個時候，部落裡面已經會出現一些簡單的分工了，一些成員主要從事生產，一些成員去攻略其他的部落，持不同的武器或者不同的樂器，對他們來說就是一種不同的職業。而力量的強大，已經讓他們能和史前巨型生物打一仗了。
第四個階段中，當大路上所有的部落圖騰都被搜刮來了，此時的角色應該可以說是擁有了文明，進入了國家階段。
而角色能夠看到的視野也變得更加廣闊，一整個星球都納入視野範圍內，這裡有玩家所在的國家，也有其他的國家。不同的國家，其主要的形態都不太一樣，有的是商業國度，有些是宗教國家，有些是軍事強國。玩家同樣也可以修改自己國家的屬性，這樣結果就是，想要去攻略其他國家的方式就稍顯不同。
在這個時候，香料，已經開始顯現其最重要的商品屬性，這是能讓財富積累的唯一方式。
最簡單粗暴的統一星球的方式，自然就是軍事，想盡一切辦法去佔據香料產地，去財富積累，去造出來坦克、戰艦和戰機，然後一陣狂轟濫炸就可以獲取最終勝利。但是更好玩的方式，是用文明的方式，讓其他國家來屈服。