同時還命明南直隸都察院右僉都御史兼操江提督：藍元，與明中軍都督府左都督：董一元，出兵中路、明宣武衛遊擊將軍：茅國器，等將領負責輔佐和策應、明備倭總兵：麻貴，出兵東路，明大同右衛副總兵：王生，等將領負責輔佐、明御倭副總兵：劉綎，出兵西路，明泉州府副總兵：吳廣，等將領外加李氏朝鮮都元帥：權慄，負責輔佐、明福建總鎮副總兵：陳碑、明水師提督：陳璘，出兵水路，明鬆門衛遊擊將軍：季金、等將領負責輔佐。
明軍分兵5萬並進，以明備倭總兵：麻貴，爲主前去攻打蔚山都護府，明中軍都督府左都督：董一元、明御倭副總兵：劉綎，分別負責進攻尚慶左道泗川縣、全羅左道順天都護府，各路明軍直逼尚慶左道慶州府釜山浦。
其中明軍生擒並斬獲幕府俊寇大將：平正成，等五名，殺幕府右兵衛少志：平義，智擒幕府武士加倭兵二千二百四十八名。
還招回李氏朝鮮軍民婦女五千六百餘名，焚燒倭船七百餘艘，獲得糧米二萬五幹九百餘包，牛馬械器無數，朝廷賞銀八千兩，賜紅錦飛魚服給武將們世襲。
並命明兵科左給事中：徐觀讕、明朝鮮尚慶左右道監軍：陳效，覈實情況奏報朝廷，還晉升明朝鮮經略：萬世德，爲「都察院右副都御史」蔭封一子入世代官籍。
同時幕府岡山藩左衛門督：小早川秀秋，等部7萬多人回國休整，僅留幕府第一軍左副將：加藤清正、幕府第五軍下參議：島津義弘，等6萬4千人防守李氏朝鮮王國佔領區。
6月24日，孟養長官使：思轟，因緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝分裂，便再次棄緬內附大明帝國。
7月初3日，青海蒙古韃靼阿赤兔部重整其部，又聯合了青海蒙古諸部來抵抗明軍，還乘雨挖邊，欲從莊浪衛鎮羌堡越過明長城進入西寧衛，在逃入朵甘都指揮使司。
當即就被明軍擊退，還擊殺了青海蒙古韃靼阿赤兔部卜打臺吉等五名頭目及五十餘名散衆，其餘蒙軍敗走，又退入大松山堡。
7月22日，年老體虛的幕府從一位太政大臣：豐臣秀吉，在京都伏見城，召見五大老既（幕府從二位權大納言：前田利家、幕府從三位中納言：宇喜多秀家、幕府從三位權中納言；毛利輝元、幕府從三位參議兼權中納言：小早川隆景、幕府下參議兼少納言：上杉景勝）以及幕府內大臣：德川家康，包括五奉行既（幕府京都所司代兼彈正臺彈正少弼：淺野長政、幕府大奉行兼任堺町奉行：石田三成、幕府丹波龜山藩兼民部卿法印：前田玄以、幕府大藏卿：長束正家、幕府式部卿：增田長盛）
另由〈三中老〉幕府高鬆城主兼贊岐國藩主：生駒親正、幕府從五位下帶刀先生兼出雲國松江藩主：堀尾吉晴、幕府式部少輔：中村一氏）負責五大老與五奉行之間的協調與溝通。
幕府太政大臣要求他們一起輔佐，自己的幼子：豐臣秀賴，其根本目地是要以合議制度，來抑制幕府內大臣的擡頭，以確保豐臣政權可以代代相傳。
8月18日，在交代完後事之後幕府太政大臣：豐臣秀吉，便在京都伏見城死去。
同時明水師提督還派遣戰船數百艘，分佈於忠清左右道、全羅左右道、尚慶左右道，等重要海口嚴防倭軍。
9月11日，明備倭總兵則再次包圍幕府第一軍左副將於蔚山都護府，兩軍互有勝負，但最後卻遭到幕府左近將監兼侍從：立花宗茂，的後續援軍趕來救援，先以千人夜襲明軍後，在以假營伏兵攻擊追來的明軍，使其敗退。
9月24日，各路明軍並進圍攻，明西寧衛兵備道副使：劉敏寬，揮師入朵甘都指揮使司答思麻萬戶府，明莊浪衛兵備道副使：樑雲龍，控弦烏鞘嶺之北，明甘州衛副使：李景元，進擊黃羊川屯，明延綏總鎮總兵：達雲，率領甘州五衛明軍入黑馬圈河，明西寧衛指揮同知：龍應堅，和明涼州衛通判：王倫，整其軍旅前後堵截。
9月25日至26日，兩河道的明軍十萬人馬會攻大小松山堡，蒙軍俘獲八百八十人，獲牛、馬、駝、羊一千五百餘頭，拓地五百里。
10月初2日，幕府太政大臣於8月18日死於京都伏見城的消息傳至李氏朝鮮王國，讓前線的倭軍將領們士氣因而受挫。
隨後又接到了五大老與五奉行的命令開始撤退，由幕府第一軍左副將首先下令乘船撤退。
隨後明備倭總兵讓明軍追擊幕府第一軍左副將，並以火器優勢取得勝利。
10月11日，西路的明御倭副總兵、東路的明備倭總兵，兩路明軍進展都比較順利，而中路的明中軍都督府左都督還率兵3萬人，攻打倭軍新起的泗川縣城寨時，由幕府第五軍下參議率7千兵力駐守。
由於明軍火炮營在佈陣後，中軍都督府士兵皆是南直隸中都留守司附近駐軍，素不習戰，亦不太擅長火器，明軍火炮手先以大將軍炮、攻戎炮，等火炮打破泗川縣大門一扇、城垛數處。
之後又發各類火器，在點火時的有些火炮突然炸膛，並引起了大營火藥庫的連番爆炸，硝煙掩蓋半邊天，全軍上下頓時亂成一片。
這時幕府第五軍下參議一看明軍大營發生爆炸，隨即命令倭軍出擊，混亂中的明軍大亂，倭軍從前小門殺出，直衝中軍都督府明軍，導致中軍都督府各路衛所明軍皆被屠殺潰走，三千中軍都督府士兵，戰後止存五、六十人，是爲〈泗川之戰〉。
11月17日，留守的各路倭軍無心戀戰，打算由蔚山都護府撤退，明軍分道進擊。
就在倭軍將領撤退之時，明水師提督：陳璘，派遣明水師左參將：鄧子龍，偕同李氏朝鮮三道水軍統制使：李舜臣，聯合出擊，在露樑海上截擊想援救幕府第二軍右副將：小西行長，的援軍幕府左近將監兼侍從：立花宗茂、幕府第五軍下參議：島津義弘、幕府從四位下築守：小早川秀包、幕府對馬守：宗義智、幕府肥前國名護屋城奉行兼志摩守：寺澤廣高，等部倭將。
明水師左參將素來慷慨，所在立戰功，是時他已年過七十，但仍不減當年英勇，親率戰船三百艘爲前鋒，追至釜山浦南海，並帶壯士三百人跳入李氏朝鮮龜船上，直前奮擊幕府第二軍倭寇，打得倭軍死傷無數。
但其他戰船卻因誤擲火器於主帥的戰船，使得主帥戰船起火，結果明水師左參將：鄧子龍，陣亡！
而李氏朝鮮三道水軍統制使：李舜臣，領兵來援，率船隊衝入敵陣，卻被倭軍包圍，不幸身中流彈血染盔甲犧牲，其餘明軍繼續戰鬥。
隨後明水師右參將：陳蠶、明鬆門衛遊擊將軍：季金、明廣海衛遊擊將軍：馬文煥，等將領率軍趕至前後夾擊，倭軍被打得豪無鬥志只想撤退，明軍又趁機焚其船隻。
倭軍則因爲成功讓幕府第二軍右副將脫困而且戰且退，而得以逃脫登岸的倭軍後爲幕府第二軍右副將救走。
部分倭軍僥倖逃脫者剛上岸，又爲明軍步兵所攻擊，被火燒死以及溺水者萬計。
這時明御倭副總兵進攻幕府第二軍右副將，並奪取倭軍橋寨，明水師提督則以船隊一同攻擊，再焚燒倭軍戰船數艘。
關鍵時刻幕府第二軍右副將部下，幕府第五軍下參議：島津義弘（鬼石曼子）帶領水師來援，卻被明軍水師給擊敗，其餘倭軍紛紛揚帆逃跑，僅有幕府左近將監兼侍從作爲殿後，接應幕府第二軍右副將使其成功逃離李氏朝鮮王國。
此次釜山浦南海大戰，明軍總共擊沉倭軍船隻九百餘艘，殲滅幕府部分主力水師，史稱「露樑海戰」。
致使少量未逃脫明軍水師海上封鎖的，倭軍殘部退到至山島。
12月初8日，倭軍殘部開始渡海藏匿乙山，巖深道險，明軍將士不能進入，明水師提督便派兵夜查，還圍攻崖洞。
至天亮後發現目標便發炮攻擊，倭軍又逃奔後山，與巡查明軍展開殊死奮戰，幾乎全部被屠殺殆盡，僅有數十位倭軍逃走，還被明水師提督領兵追擊，最終倭軍殘部無一人逃脫。
就這樣萬曆倭援朝戰爭至此結束，明軍入李氏朝鮮王國作戰，歷時七載，喪師數十萬，糜餉數百萬兩白銀，人力、物力損失巨大，但最終還是勝利的打敗了倭軍。
在倭寇逃遁歸國後，除了明御倭副總兵：劉綎，收留了5百倭軍編入本部火銃隊之外，其餘留在李氏朝鮮王國的倭軍要麼被殺、要麼投降明軍加入隊伍。
而東征的大明軍隊本應無戰事之後撤回國，但是李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昿，唯恐倭奴積威，再度報復？
於是上奏朝廷表示要苦留大明軍隊善後，朝廷經過商議決定留明都察院右副都御史兼朝鮮經略：萬世德，與明義州衛鎮撫使：李亟勳，率三千士兵繼續駐守李氏朝鮮王國，其餘明軍全部調回大明帝國。
12月20日，在大明帝國南方，明四川總鎮巡撫兼都察院左僉都御史：譚希思，正在重慶府綦江縣、瀘州合江縣，一帶設防攔截楊氏叛軍，分別在合江縣與綦江縣各置遊擊將軍一員，合江縣募兵一千二百人扼守岡門，綦江縣募兵二千人，扼守安穩。
怎奈前任明播州宣慰使：楊應龍，直接下令讓明下赤水裡長官：袁鰲，繞開守衛明軍，兵臨合江縣城下，抓捕出賣楊氏投降明軍的前任明下赤水裡長官：袁子升，處於凌遲之刑。
此事引起了上下赤水裡土司袁氏宗族的反對，要求前任明播州宣慰使撤掉袁鰲之位，改由袁子升長子：袁年，繼任下赤水裡長官。