1946年的洪趙戰役後，由於晉冀魯豫、晉察冀、晉綏解放區的主力部隊忙於進行晉西南、晉北、汾孝和正太戰役，而胡宗南爲了配合向延安的進攻，又加強了對晉南三角地帶的軍事部署，因此，這一地帶的不少地方又被胡軍佔領。這不僅使太嶽解放區的鞏固與發展受到了嚴重障礙，而且也直接影響到保衛陝甘寧邊區，保衛延安的作戰。因此，幾乎與正太戰役進行的同時，1947年4月4日，陳賡、王新亭指揮晉冀魯豫野戰軍第4縱隊和太嶽軍區部隊（統稱“晉南前線部隊”）6個旅共5萬餘人，發動了晉南戰役（亦即第二次晉南戰役），以優勢兵力，出其不意地向侵佔晉南三角地帶的胡宗南和閻錫山部發動了強大攻勢。在4月5日至15日的第一階段戰役中，解放了翼城、新絳、稷山、萬泉、河津、榮河、曲沃、浮山、絳縣、猗氏等縣城，以及蒙城、高顯、侯馬等重鎮和河津縣的禹門口，控制了同蒲鐵路100餘公里，切斷了運城、臨汾兩地守敵間的聯繫，奪取了禹門口，又隔斷了胡宗南軍隊的晉陝交通，使晉南、陝中之敵異常驚慌。由於它威脅了陝北胡宗南軍隊的後方，致使胡宗南徘徊於尋找陝北主力決戰與抽兵援晉之間，這就有力地配合了人民解放軍在西北戰場上的作戰，而晉南大地則恢復到了上年內戰爆發前的局面，並使太嶽區獲得巨大的發展。在4月21至25日的第二階段戰役中又連克臨晉、永濟、虞鄉、芮城、平陸、聞喜等縣城，並解放霍縣、趙城、洪洞縣城及據點多處。至此，晉南大部分地區被解放，胡宗南、閻錫山部退縮於運城、安邑兩地，企圖固守待援。
晉南戰役共殲滅胡宗南軍隊及地方保安團隊2.2萬餘人，並收復解放縣城25座及侯馬、禹門渡、風陵渡等戰略要地多處，解放了晉南300萬人的廣大地區，將胡、閻軍隊壓縮在了運城、安邑和臨汾3個孤立據點之內，使晉南局勢發生了根本變化。此役直接配合了西北戰場作戰，給胡宗南部造成後顧之憂，並且也奠定了晉南前線部隊向黃河以南轉入戰略進攻的基礎。
從全面內戰爆發到晉南戰役結束，國共兩軍在山西整個軍事鬥爭的情況中，可以看出，經過一系列的戰役，形勢愈來愈有利於，而越來越不利於國民黨。人民解放軍在防禦作戰中，由於在軍事上重創了閻錫山、胡宗南等軍隊，並解放了大片地區，因此，它不僅在戰略上有利地配合瞭解放軍在西北戰場上的軍事鬥爭，粉碎了閻錫山、胡宗南相互配合進攻陝甘寧解放區的陰謀，消除了陝甘寧解放區東境的威脅，捍衛了中央所在地延安。而且，剷除了閻、胡所部設於各解放區之間的障礙，使呂梁、陝甘寧、晉察冀和晉冀魯豫各解放區逐漸連成一片，爲人民解放戰爭的進一步勝利開展，由分散作戰到集中作戰，由局部作戰向整體作戰方向發展，戰線亦由內線向外線擴展，在軍事、政治、經濟等方面創造了有利條件。山西境內人民解放軍進行戰略反攻作戰的時機已經成熟，而閻、胡兩軍則在與軍隊的較量中，損兵折將，喪失了大量有生力量，並且丟失了大片地區，使閻錫山的統治區域大大縮小，至1947年6月底，僅剩下了運城、臨汾、大同、太原幾個城市和晉中十幾個縣，迫使閻錫山由過去的向外開展轉爲向內收縮，在戰略上處於了完全被動挨打的地位。
4、推行“兵農合一”，實施“平民經濟”，閻統區經濟更趨惡化
抗戰後期，閻錫山在晉西南推行的“兵農合一”制度，雖然搞得民不聊生，怨聲載道，但它卻較好地解決了閻錫山的兵源、糧源問題，維持了閻錫山對晉西南地區的統治。而1945年10月26日，他飛赴重慶向蔣介石“述職”期間，蔣介石除安排他在國民政府總理紀念週上講述了第二戰區八年抗戰之經過及有關重要軍政措施外，還召集部會司處長以上人員參加的幹部會議，請他講述“兵農合一”制度推行情況及與爭奪地盤的有效措施，同時，閻還應內政部等單位之請，講述了山西推行“兵農合一”制度的成效。這就更使閻錫山感到他推行的“兵農合一”制度是成功的，是得到了蔣介石及其政府的認同和讚許的。他返回太原後，在一次會議上講及赴渝經過時，其中就說道：“委員長對兵農合一的實施很贊成，叫我給大家講講。我在銓敘部、兵役部、內政部、地政署給科長以上的幹部講過幾次，與陳布雷、吳達銓諸先生研究過幾次，最後在高級將領會議上也講述過一次。按中央黨部的認識，以爲非此不足以安定社會；兵役部的認識，以爲非此不足以鞏固國防；經濟部的認識，以爲非此不足以迎頭趕上；教育部的認識，以爲非此不足以提高教育；內政部的認識，以爲非此不足以管理人民。大家雖各有各的認識，卻都是一致的贊成！”（《閻錫山年譜》（六），第2234頁）。因此，閻錫山不僅對實行“兵農合一”的重要性、緊迫性，從理論上加以闡述，以引起其部屬的高度重視，而且採用各種方法，進一步加緊了“兵農合一”的實施。
閻錫山從重慶回到太原後，就有關“兵農合一”問題，又發表了許多言論。他說：“兵農合一的‘農’包括社會上的農、工、商、礦而言。‘兵’字是包括常備兵、國民兵和國防工業方面的工人而言”（《兵農合一》（上）第9頁，以下凡引此書只注頁碼），這就大大地擴大了抗戰時期的“兵”“農”的範圍，完全成了“以兵農合一爲綱”，而“以編兵農互助小組、劃分份地及平均糧石（即糧銀）”爲目的（第1頁）的一種制度。他還說：“這種制度，即是使兵農合一，耕戰合一，勞享合一，收負合一的一種最合理的革命制度”。它“可使人人有工作，人人有生活；以工作保障生活，以生活管理行爲，社會無爭訟之民，可以不需刑法，能達成社會之理想”（第109頁）。“兵農合一就是三民主義的耕者有其田，最和平、最徹底”，是“走向打通社會的不二法門”，“其他各種主義主張學派政論政策，都是得失參半，對錯維均”，唯“兵農合一俱利無損的解決了社會問題，都是全對的”，甚至認爲兵農合一補救了馬克思主義的不足，馬克思“死而有知，一定可以得到個安慰”（第104、105頁）。因爲“今天的‘兵農合一’，就是現代的‘井田制’”。是“歷史上的原始的公道制度。在現在，則又成爲更進步更新的革命制度”。它既是“歷史上公道制度的發揚，同時也是現代革命制度的創造，是歷史和向前進的產物”（第109頁）。不僅如此，閻錫山還老調重彈，說是實行“兵農合一”，就可以“對內消滅階級鬥爭於無形，對外防止國際侵略於未然”（第59頁）。因爲他一直認爲土地私有是“赤化農村之導火線，爲摧毀國家爆炸彈，只有兵農合一，才能消滅剝削，使人人幸福，個個平等”。所以，兵農合一，也是“爲清除不平，防止毒禍之釜底抽薪之徹底辦法”等等。
無論閻錫山在理論上給“兵農合一”增添了什麼“新”的內容，也無論閻錫山把“兵農合一”吹噓得如何之好，但“兵農合一”的本質並沒有改變，它與中國周代奴隸制下的“井田制”，與隋唐時代實行的兵農合一的“府兵制”，可以說是一脈相承的，儘管因歷史的發展和客觀環境的限制，閻錫山對“兵農合一”賦予了一些“新”的內容，而其封建的性質並沒有改變。閻錫山所以對這種封建的統治制度情有獨鍾，其根本的原因，就是抗戰勝利後，他極力想恢復其對山西的獨裁政治統治。而欲達此目的，就必須在經濟上實行與之相符的制度。然而，客觀現實的變化卻不依他的意志爲轉移。抗戰勝利後，廣大民衆對於國民黨的內戰、獨裁，越來越表示了強烈的不滿，反對封建地主階級和官僚資產階級的鬥爭日益興起。中國爲了自衛反擊，並最終推翻代表着封建主義和官僚資本主義的國民黨的統治，實現無產階級和廣大勞動人民羣衆的階級解放，在全面內戰爆發之前，於1946年5月4日就作出了《中央關於清算減租及土地問題的指示》（簡稱“5·4指示”），明確提出了“解決解放區的土地問題是我黨目前最基本的歷史任務，是目前一切工作的最基本環節”。“5·4指示”的發佈，無疑是對中國千百年來封建土地制度的否定，使孫中山早就提出的“耕者有其田”得到了有力的實施。這一指示發佈後，清算減租運動，以及在此基礎上爾後不久進行的土地改革運動，如火如荼地在各解放區迅速開展起來，並極大地影響到了國統區。面對如此形勢，閻錫山不能不感到擔憂。因此，他在竭力宣傳其“兵農合一”以對抗領導的土改運動的同時，在行動上也加緊了“兵農合一”的實施。
閻錫山於抗戰勝利後推行的“兵農合一”，其方法較之抗戰時期更爲殘暴。因爲他這次推行“兵農合一”，是通過其所組織的“解救團”到基層來展開工作的。他組織的“解救團”有25個，主要在晉中、晉北等地活動，而解救團所採取的方法則是“軍事掃蕩，軍事掩護，建立區據點，進行村活動，河塌式的一村一村的實行‘兵農合一’政治”。“區組政軍一元化的武裝解救是推行‘兵農合一’的工具”（第30頁）。因此，它並非像閻錫山所說的“教人民做，不替人民做，不任人民做”，“不包辦，不放任自流，引導人民來做”，而完全是在軍事武裝強制之下推行起來的。並且“解救團”的幹部下鄉推行“兵農合一”時，先要“調查村中的好人壞人，壞人扣押若干，好人推崇若干”，而其所謂的“壞人”，實際上就是對“兵農合一”的反對者，如果被定爲“壞人”，就會被扣押，這無疑是要用恐怖手段來壓制民衆。
在“兵農合一”的具體實施辦法上，根據閻錫山對“兵農”二字所作的解釋，較抗戰時期有了一些變化，即在“編組”上，兵農互助小組由3人改爲了6人，1人當常備兵，5人領種份地當國民兵。常備兵從18歲到22歲壯丁中抽撥，比原來的到47歲，縮小了25歲。國民兵每人出優待糧3石，棉花5斤，共糧15石，棉花25斤，以糧6石6鬥、棉花15斤給常備兵，以糧8石4鬥、棉花10斤，優待常備兵家屬。平時常備兵在營服役1年，轉入工廠工作2年，戰時仍爲在營服役3年。從此在營士兵不發餉，在廠工人不發工資。優待同組的常備兵家屬糧食比過去的5石增加了3石4鬥，棉花與過去一樣。除兵農互助小組以外，又有兵礦、兵工、兵商、兵藝、兵運、兵磨、兵林、兵牧等互助小組。在“份地”上，將過去的“20石作爲1份的標準”，改成了“以足夠兩個人耕種爲標準”，每份地純收益也由過去的20石改爲能養活8口人爲計算標準。在“均糧”上，也由過去的“各縣原有糧銀，以不增不減爲原則，偏高偏低時由全村‘調劑’、縣‘補救’”的辦法，改成了按土地正產量評定土地等級，並參照“土地法”地租不得超過正產量37.5%的規定，作爲領份地人一切負擔之標準，擬定各等地糧石累進標準表，作爲均糧尺度，以定各登記地糧額。實施辦法只所以會發生這些變化，從客觀上而言，主要是由於抗戰勝利後，閻錫山乘機“開展”了大片地區，閻統區人口增多，兵源已不像過去那樣緊張，所以，常備兵年齡的上限由47歲，降至22歲。同時，隨着閻統區耕地面積的擴大，以及一些平川地區被“開展”後，土地質量也比晉西南地區要好，閻錫山爲提高土地的利用率，並顯示其“公平”，也在“份地”和“均糧”上進行了一些調整，但更重要的則是閻錫山爲了從人力和物力上保證其反人民戰爭的進行，一方面使常備兵的年齡年輕化，以提高其作戰能力，一方面大幅增加兵農互助小組負擔的糧花，以供養其不斷擴充的軍隊。