儘管開學第一天, 經歷了一個暑假的休息，身心應當都已經調整到了最佳的狀態，可是, 萌希卻意外有點提不起精神。原因無他, 她小學生時代的朋友兼情敵, 爲了所謂的“愛”, 不顧一切飛奔到了決鬥學院。
“禮, 你還真不是……一般的迅速……”被這位難纏新生絆住腳步的萌希，作爲好友間重逢的慶祝，不得已請她吃冰激凌, 外加談心。
“嘿嘿，那是當然的, 可別小看了戀愛中的少女的行動力啊。”早乙女禮, 開心地舔着冰激凌, 硬是拖着某人在學校裡晃來晃去，美曰其名參觀校園, 真實目的不得而知。
“不過，說回來，你通過了入學考試都沒有知會我一聲，真不夠意思。”萌希頗有點抱怨的意味，要是她早點知道, 至少能夠做好心理準備嘛。
“咦, 我以爲你早知道了啊。”早乙女禮很是委屈地反問, “我沒有提前去參加入學考試啊, 是因爲我在GX大賽中成績優秀, 鮫島校長才破格讓我進入紅寮的。”
“啊……哈……是這樣啊……”萌希訕訕地打起了馬虎眼，要是這位戀愛中的少女知道自己因爲在GX大賽中太過關注其他問題而忽略了她的存在, 不曉得要發火到什麼時候呢。
可是，她果然還是有點在意，禮什麼時候變得這麼厲害了？GX大賽可是世界級的比賽啊，而那時的禮還是個連決鬥學院入學考試都沒有參加過的小學生……
然而這個時候，萌希最想知道的，卻不是這個，而是……
“吶，禮，難得你在比賽中取得了好成績，怎麼偏偏選擇了紅寮呢？”紅寮雖然有神人遊城十代坐鎮，可畢竟是三個宿舍中評級最差的一個啊，而且因爲住宿的關係，女生一般都是去藍寮的。連因爲種種原因曾經在黃寮和紅寮呆過一陣子的自己，到最後還不是轉回了藍寮？
哪知道一談到這個話題，早先還天不怕地不怕的某戀愛少女，忽然嬌羞地捂住了臉，“哎呀，這個問題，你不是明知故問嘛。”
“……是嗎？”由於某人的變臉功夫而大開眼界的萌希，並未顯得有多麼興奮，而是很無奈地垮了垮臉。也許對她而言，兩年前的那次事件不過是個意外的插曲，並沒有印象深刻到難以忘懷的程度。這也從另一個意義上體現出，萌希是個多麼單純的孩子。
“嗯嗯，對了，說到這個，萌希你知道十代大人在哪裡嗎？”早乙女禮果然從一開始就目的不純。
“遊城十代啊……可能在紅寮吧，不過馬上就要開學典禮了，說不定他去了禮堂……”萌希的回答不太確定。十代這個神人秉持了拉轟主角的各種習慣，行蹤一向飄忽不定。
“啊，這樣啊……”早乙女禮“嘻嘻”笑了兩聲，“那麼我們先去紅寮看看吧。”
突如其來的一道冷淡嗓音毫不客氣替某個不知道怎麼應付的女孩婉拒了過去。
“那可不行，萌希還有很多學生會的事物要處理，你們之間的悄悄話就等下次再說吧。”明日香似是很不滿地把某少女一把扯了過來。
“呵呵，是明日香啊……”萌希頓時感到得救了，一邊在心裡感謝好友，一邊順勢道，“說起來我確實好像有點偷懶了，抱歉啊，明日香，把事情都丟給你……”
“道歉的話等一切結束了再說吧，現在就給我回去。因爲新生接待工作和開學典禮的準備，我這裡忙得都抽不出人手了。”明日香似乎真的是由於忙碌的關係纔來逮人，嚴肅的表情裡挑不出一絲漏洞。
“嗯，既然這樣，那好吧，我就先不打擾你了。”話都說到這個份上，早乙女禮也找不到其他藉口了。
“那，我先走了。”萌希搖了搖手，腳步剛沒邁了幾下，又不放心地轉過頭，“開學典禮快要開始了，你逛得適可而止就行，可別開學第一天就遲到啊。”
“放心，我自有分寸。”早乙女禮雖然嘴上信誓旦旦，可神色卻分明不是這麼回事。
萌希雖然有點懷疑，但那邊明日香已經等得不耐煩了，所以她也不好再追究下去。
好在開學的第一天順利過去，沒有出什麼大的岔子，如果十代和約翰由於激情四射的第一次相逢而忘記典禮時間不算是什麼大問題的話。
而新學期的新氣象，也在第一時間展現在了衆位學生的眼前。
眼鏡蛇教授和來自各個分校的四名優等生，無疑在學校裡引起了一股話題的新潮流。教授所帶來的新的教學方案，也在學生間熱烈地探討起來。
沒有陰謀，不成故事。在十代這個超級二代主角照例轟轟烈烈地自以爲將BOSS打倒以後，GX的世界進入了一個新紀元——一個名爲“穿越”的新紀元。
“這裡是……沙漠？”
“海都變成沙漠了，世界是不是要毀滅了？”
“笨蛋，我們是穿越啦，穿越啦！”
“嗚嗚，有什麼好高興的，我們回不去了……”
當萌希所在的主角團隊見到變故之後，匆匆從決戰之地回到教學樓的時候，看到的就是這樣一副混亂的場景。
好在明日香這幾年學生會也不是白呆的，特別是某會長一直不務正業的情況下，她的業務能力也有了常人難以想象的長足發展，再加上那兩個不怎麼有用的老師還算努力的幫忙，學生們的情況總算安定下來了。
但是，又有另一個問題橫在了還沒搞清楚狀況的他們面前——貌似精靈的怪獸，朝他們所在的最後堡壘，攻擊過來了。
萬幸主角團隊實力強勁，一些不入流的小角色，超級天才約翰一個人就搞定了。
可是，潛藏的黑暗依然在不爲人知地醞釀，直到出現了合適的時機，一下子爆發出來。
本來就由於突如其來的險境而心生動搖的學生，再加上食物受到限制，身心上的雙重打擊，便很容易受到黑暗的負面影響。於是，一個又一個，學生接二連三地不明原因地變成了只知道決鬥、不知疲倦的喪屍般的存在。
陷入大危機的學院，想要力挽狂瀾的主角隊，心懷叵測的分校留學生，以及隱藏於最深處的黑影，在這片廣域的異世界裡，展開了最後的博弈。
與此同時，因爲不在教學樓附近而僥倖逃過一劫的決鬥學院師生，也沒有閒着。以鮫島校長爲首，各盡所能展開了救援活動，甚至，連幻影公社的珀伽索斯會長都出動了。
珀伽索斯會長果然很有人脈，針對決鬥學院發生的意外狀況，當機立斷找來了空間物理學的權威，曾經由於種種原因在決鬥學院露過面的茨拜因施坦因博士。
而這位醉心於邏輯的諾貝利獎（？）獲得者，決鬥物理學的大師，也不負衆望，克服了重重困難，終於發現了空間移動所留下的僅有的一絲裂縫，也捉到了將所困師生們帶回這個時代的線索。
一切都在緊張的氣氛下有條不紊地展開。
而作爲決鬥學院畢業生和曾經與學校有所聯繫的人們，也各自接到了消息。
艾德•菲尼克斯的情報網一直都比較迅捷可靠，所以在通知他之前，他早已拋下所有工作，隻身一人奔赴事發地點去了。
凱撒接到鮫島校長電話的時候，他和某位贊助商的項目正好談到最關鍵的時刻，所以當秘書把電話遞給他的時候，心裡本來是有些不滿的。要不是鮫島校長堅持不能延後，他也不會從這麼重要的會面中脫開身。
然而，當他剛聽完一句話之後，大腦立刻“嗡”的一聲，當下就呆住了。
鮫島校長所說的是，“決鬥學院發生異變，大量學生失蹤，其中也包括市原萌希。”
萌希她……失蹤？就這麼一個彈丸之地……失蹤？難道說，曾經讓吹雪痛苦的黑暗決鬥又出現了？不……不對，萌希她纔不會輸給這種低劣的傢伙……而且，還有遊城十代在，那個傢伙，是絕對不會眼睜睜看着同伴陷入絕境而無動於衷的。難道說，他也出了什麼狀況？可惡，到底是怎麼回事？
由於心思混亂，凱撒竟一點都沒有察覺，最後那句話，他沒能成功藏在心裡，而是宛如發泄一般，吼了出來。
“冷靜下來，丸藤君。現在還沒有到束手無策的程度，還有解救的辦法。”電話那頭，傳來了校長安慰的話語。
“究竟發生了什麼，鮫島校長，你能解釋一下嗎？”凱撒強忍住心頭的暴躁和恐慌，沉着臉道。
“是這樣的……”鮫島校長的聲音突然變得輕了下去，繼而，聽筒那頭傳來了低低的竊竊私語聲，彷彿說話者被人拉過去在討論什麼緊迫的話題。
幾秒之後，校長總算想起來電話那一端還有個快要發瘋的人在等消息，便又重新道，“你還是儘快趕來決鬥學院吧，很多事情電話裡一時說不清……”
“我明白了，我會以最快的速度趕過來。在這之前，一切就拜託你們了。”凱撒抿了抿嘴脣，憋着一股氣，掛斷了電話。
他愣愣地站在走廊上，恍惚間頭腦裡一片空白。無繩電話的外殼已經被捏的微微變了形，他卻依舊沒有放鬆的意思。直到秘書出聲提醒，他才勉強從難以置信的茫然中回過神來。
可惡，明明早就決定不讓她受到任何傷害……
爲什麼，自己會那麼無力？
一直以來拼命的努力，到底是爲了什麼？
他究竟是爲了什麼想要變得強大，又是爲了什麼渴望贏得勝利？
結果，在殘酷的現實面前，還是徒勞嗎？
不，不能這麼消極，剛纔校長也說了，還有將她帶回來的機會。
雖然在最困難的時候，他沒能陪在她的身邊，但是，這一次，輪到他去拯救她了。
當凱撒從轟鳴的直升機上走下來的時候，圍繞在整體消失的決鬥學院教學樓邊，已經佈滿了救援的隊伍。他舉目四望，正要確定鮫島校長的方位，以便最快了解到情況之際，一個冷淡中明顯不帶有好意的聲音，驀地從背後響起。
“你就是丸藤亮，被譽爲凱撒的男人嗎？”