在第一波戰鬥勝利之後，人類聯軍並沒有顯得很興奮而輕敵，他們很清楚，這只是迪恩的一個偵察部隊，
根據資料，機器帝國會有六支艦隊在這裡會合，而這六支艦隊雖然每支艦隊都只有一百艘戰艦，但是其戰力卻頂的上人類聯軍的五十二支、每支都有一千艘戰艦的總和！甚至還要超出一些！
面對這種不對稱的平衡，人類必須全力以赴，不然一旦被在局部戰役中不斷的被擊敗，那對機器帝國來說，勝利就像滾雪球一般越滾越大，
基於此，艾倫·托馬斯和雷特斯雖然作爲最關鍵的戰力，理應和其他宙靈候選人一眼休養生息，靜待時機，但同時他們還有另外一個身份，那就是艦隊指揮\的
！所以在這場人類的戰爭中，艾倫·托馬斯也是作爲人類聯軍軍第五聯軍總司令來來參加到這種戰爭中去的。
“蘭特將軍，等你們休整完畢之後，不要滯留在當前基地，後撤兩個星系，我和夏夏軍彙總將正在趕來支援你的路上。”艾倫·托馬斯用過通訊器提醒道。
“好的，我們知道了。辛苦你們了。”蘭特中將感慨道，回想起六年前，艾倫·托馬斯還只是自己手下的一個小指揮官，六年，說長不長說短不短，這小子卻已經成長爲能夠維繫整個人類安危的最重要的幾人之一。幾個小時後，當人類聯軍再次部署完畢之後，機器帝國的袁軍也已經帶來，其他艦隊的將軍得知度一支艦隊竟然吃了點小虧，紛紛嘲笑道：“看來你不行啊，你的級別比我們中的一些人還要高一些，但在打仗上，還是我們更在行一些。”別以爲機器帝國的人上下級觀念不強，即使是很強的，尤其是大階級觀念，但是如果是差不多的級別，相互間也是基本平等的，當然。兩者間的差距也僅僅是在職務上的一些小差距，比如司令副司令，但他們本身的機器人級別的是一樣的。這六個艦隊司令都是機器帝國的c級先知級別的機器人，所以他們相互之間也算是基本平級。不過，隨談這級幾個艦隊長平級，但是跟他們來的兩個上面特派的機器人，則是比他們真正要高出一個階級，是b級先知，機器帝國的大將軍。在整個機器帝國，b級先知也不過七八個，這次出征來了兩個，可見他們對人類還是有點重視的。其中一個b級先知在得知情況後，沒有指責什麼，事實上，他們在出徵前就已經對人類科技有所瞭解，人類的科技實力要比他們先前遇到了的任何文明都要先進的多， 具備一定程度的太空作戰能力，機器帝國在以往的戰鬥中，總計只損失了三十多艘戰艦，要知道，這可是他們在消滅了超過30億的文明之後所造成的損失，那些文明最先進的，也不過就是和人龍披甲兔一族差不多，而且這種科技的種族數量要比人類少的多，都是隻有幾千萬人口。
在出徵人類的時候，機器帝國評估了人類的軍事力量和人口狀況之後，他們做出了損失四十搜戰艦的代價來毀滅人類文明。“人類果然是一種奇特而潛力巨大的生物，肯定是收到了我們的消息之後努力提升自己的軍事科技力量，一年時間，就已經研發出了粒子技術，雖然明顯沒有我們的成熟，但他們的進步速度實在是太恐怖了。”另一個大將軍也是說道。其他五個指揮官見連b級先知都這麼說了，他們也不敢再嘲笑自己的同伴，而是認真對待起來。
因此，機器帝國的艦隊即使在集合之後，也沒有貿然再進攻，而是在想辦法蒐集人類新科技的資料， 包括他們看到的那些星球外爲的防護債，清查之下，竟然發現那些防護罩計算是加持了宇宙原力的粒子光束打進去，也起不到太大的效果，頂多也就殺死幾個星球上的人罷了。但是人類有六七億，光殺就不知道要殺到什麼時候了。人類聯軍見敵人不動，他們也不敢亂動，敵強我弱的情況下，先動手那是找死的行爲，反正他們有充足的資源補給，機器帝國的機器人雖然本身不需要什麼電能補充，但是他們的戰艦需要燃料不及，即使現在他們佔據了人類陣營嘴外圍的幾個區域，但完全不能滿足他們的需求，就這樣雙方僵持了一個星期，兩個b級先知和一羣c級先知在討論之後，已經做好了損失一支艦隊的決心來打敗人類。
在這一個星期內，人類嘗試與機器帝國議和，發來幾次通訊請求，當先知們決定之後，接受了人類的通訊請求，但是給出的答案是繼續開戰。
人類早有預料，戰爭很快開始，但起初，機器帝國還是太情敵了些，六支艦隊分成六個方向攻擊人類的六處駐軍，但在經過一天的激戰之後，前線的二十六支人類聯軍和機器帝國的大軍僵持不下，雙方的傷亡比率竟然相差無幾
！、
當然，人類以二十六支艦隊打分散的六支敵軍艦隊才取得平局，足以證明機器帝國火力的恐怖了。
不過，這種情況沒有持續多久，在機器帝國將近損失了一支艦隊，而人類則還有四十多支艦隊的時時候，他們改變了策略，把殘缺的第六支艦隊和其他五支艦隊進行整合，然後集中攻擊一個區域。
這下人類聯軍的防線徹底爆炸，即使是艾倫·托馬斯親自指揮，也只能盡最大可能減少傷亡的撤退，但是卻無法靠單純的人類軍事力量挽救敗局。
“該我們上場了。”
在基地裡，新來的四個宙靈候選人點了點頭，宙靈幻化之後，四道白色流光劃過宇宙天際，衝撞在一艘艘地方戰艦上。這些戰艦即使有宇宙原力的加持防護，但又怎麼回事宙靈候選人幻化的能量體的對手。一艘艘戰艦轉瞬間爆炸。“什麼？人類竟然也掌握了宇宙原力的運用？”c級艦隊指揮官們對此很是驚訝，但是b級指揮官們大概是知道發生了什麼事情，冷聲道：“看來，有宙靈候選人在幫他們，難怪人類敢這麼有恃無恐，不過，以爲這樣我們就怕了嗎？”b級先知很快聯繫了幾個生命機器人，給艦隊鑄成了堅固的原力防線，普通的宙靈幻化已經無法突破那些封鎖，因爲他們的能量衝擊力不夠。
這時艾倫·托馬斯和雷特斯同時把艦隊指揮權交給了副手，變身成假靈狀態，與這些生命機器人對抗。
這些生命機器人確實強大，八個假靈與他們斗的不相上下。可是，人類已經沒有太多時間了。因爲在人類聯軍和機器帝國艦隊戰場上，人類節節敗退，前線的二十六支艦隊徹底潰敗，甚至有十八支艦隊已經徹底失去了番號，毀滅於宇宙之中，而機器帝國的艦隊在集中力量攻擊之後，僅僅只再損失了十幾艘戰艦而已，不過，這也是出乎他們的意料。
“可惡！我們的力量還是不夠啊！”艾倫·托馬斯手中吃着一把變化出來的白色長刀，用力的砍在一艘戰艦之上，如果是尋常戰艦、或者甚至是加持了宇宙原力的戰艦，一刀就能劈開，可是在有幾個生命機器人的支持下，卻是需要上千刀，這種效率之下，還沒等把敵人的艦隊清光，人類的艦隊就要全滅，而且他們的生命消耗也就沒有了意義。艾倫·托馬斯想過直接攻擊那幾個生命機器人，但是他們吧自己和兩個b級先知籠罩在了一個遠離防護罩內，他們的威力，即使八個假靈聯手攻擊，都無法打破這些防護罩。
就在他們束手無策的時候，又有兩道白光從遠處飛來，竟然是另外的兩個宙靈候選人！他們變身假靈之後，與其餘八個假靈融合，臨時性的進化成了真正的宙靈，
面對真正的宙靈，那幾個生命機器人則徹底束手無策，一擊便潰，最後，人類以付出八百萬人生命的代價贏得了這場戰爭的勝利，雖然代價很慘重，但是卻是值得的。而機器帝國殘餘的人員則已經盡數撤走。
自此，人類社會恢復了寧靜，由於人類在爲難面前的英勇表現，也得到了人龍和披甲兔一族的諒解，而作爲回報，人類分享了科技給他們，甚至還把以前佔領的星球也換給了他們，但是披甲兔和人龍沒要，他們的領導者說不想再捲進人類的是非中，認爲人類遲早有一天還會內戰。三大陣營的人都覺得這是不可能的，但只有各國高層清楚，這是可能發生的，但至少進來二三十年內是不會發生的，但只有艾倫·托馬斯清楚，諸多再有三年，便會爆發移倉混亂，但他沒有說破，因爲他不想破壞歷史潮流。而這場混亂就是因爲機器帝國的入侵，引發了人類社會對變革的急切追求，以及獨立星球的科技發展後與原有宇宙國家之間的利益矛盾，最終爆發戰爭。不管怎樣，前路漫漫，但艾倫·托馬斯已經做好迎接這些挑戰了！加油！爲了人類的新生！爲了成爲宙靈而前進吧，我的少年！