章炳麟是一個資產階級革命家，不可能認識到人民羣衆的革命實踐是獲得真知的泉源。他的“競爭出智慧”，並不是馬克思主義的實踐論。它的理論基礎是生物進化論，不是歷史唯物主義。但是，他依據“吃一虧長一智”這一樸素的唯物主義真理，斷言人的知識和才能是後天獲得的，而且是在鬥爭中獲得的，從而反對了保皇黨的“羣氓無知”論，有力地打擊了改良派破壞民主革命的反動宣傳，在當時有很大的進步意義。在反對康梁改良派的鬥爭中，章炳麟還批判了康有爲的先驗論的治學方法。他認爲：“諸學莫不始於期驗，轉求其原，視聽所不能至，以名理刻之。”可是康有爲卻從主觀主義出發，不要“期驗”，不講“明理”，任意附會、曲解古代的典籍，尋找什麼“微言大義”，其結果只能是“微言以致誣，玄議以成惑”。
在反對唯心主義的先驗論的鬥爭中，章炳麟還論述了感性認識和理性認識的關係問題。他認爲，陸王一派的先驗論，排斥外物和感覺經驗，當然是錯誤的。可是後來的唯物主義者如顏元，爲了反對陸王的先驗論，又把“格物”侷限於演習禮節儀式，從事武備訓練和生產活動，從而反對讀書明理，又犯了另一種錯誤，即鄙視理論思維的錯誤。
不能從實用主義出發，不能搞先驗論，任意塗抹古人。章炳麟提倡的方法論，基本上是古文經學派考證古代文物典章的“樸學”作風，不是對社會歷史現象進行階級分析，揭示歷史發展的客觀規律。但是他要求尊重歷史事實，反對主觀虛構，宣傳了“實事求是”的唯物主義觀點，打擊了康有爲利用古代文化典籍的研究，從事保皇宣傳的壞學風，在當時同樣有其進步的意義。
在反對改良派的鬥爭中，章炳麟之所以能夠提出許多唯物主義的見解，歸根到底是由於他早期對哲學基本問題的回答，堅持了唯物主義的路線。首先，他肯定了物質的客觀存在。他說“蓋凡物之初，只有阿屯，而其中萬殊”，肯定原子是構成萬物的最基本的物質。對於當時流行的“以太”說，譚嗣同曾經作過唯心主義的解釋，如他把“以太”說成是“心力”、“唯識之相分”或“性海”等，因而是“無形質”的。章炳麟對此作了明確的批駁。他說“或謂‘性海即以太’，然以太即傳光氣，能過玻璃實質，而其動亦因光之色而分遲速。彼其實質，即曰阿屯”，“阿屯亦有形可量。以太流動雖更微於此，而既有遲速，則不得謂之無體”。“原質有形，即以太亦有至微之形，固不必以邈無倪際之性海言也”。
章炳麟根據當時自然科學的知識，堅持了物質客觀存在的唯物主義觀點。他又進一步闡發了客觀事物不依賴於人的意識而存在的觀點。他斷言，事物的性質如色、聲、味等是事物本身所固有的。例如，日光本來就有七種顏色，通過分光試驗才能看到，但不能因爲平常看不到，便認爲光無七色。他說：“以目之眚者，視火而有青炎，因是以爲火之色不恆，其悖矣。”這是說，不能因爲患眼病的人，見火光有青炎，因此就認爲火沒有正常的顏色。他還指出，經常吃鹹東西的人，並不感到鹹東西怎麼鹹，但不能因此說鹹味沒有自己的特性，或者把鹹味歸之爲舌頭的幻覺。由此，他得出結論說：事物的顏色，“雖緣眸子以爲藪極（準的），有不緣者矣”。這是說，顏色雖然憑藉眼才能看見，但顏色的存在並不依靠眼。又說：“分劑有細大，而淡鹹無亂味。”
這是說，人們感受鹹味的程度雖有不同，淡和鹹仍有客觀的差別。章炳麟的這些觀點，肯定了感覺是客觀事物的主觀映象，其內容具有客觀性，不是主觀自生的東西，堅持了從物到感覺的唯物主義路線，駁斥了那種把事物的性質歸之於感覺的主觀唯心主義的說法。
從肯定事物的性質獨立於人的意識而存在這個前提出發，章炳麟又論述了詞和概念的性質。他認爲，詞和概念開始於感官對客觀事物的反映（“物各緣天官所合以爲言”）。如眼看到紅東西的顏色，便用“紅”稱謂它。後來又依據事物的共同性質，給同類的事物起個名字，便產生了“共名”和“大共名”。
他認爲，“共名”是抽象的東西，同感官所感受的具體內容並不一樣，可是它同樣有客觀的標準（“必非無成極”），不是人們恣意擬議出來的。據此，他指出，宗教家把“神”或“上帝”作爲最高的觀念，認爲它可以包容一切，然而“神”這個觀念卻不像“大共名”那樣是從不同的具體事物中抽象出來的共同屬性。它並不反映客觀存在，沒有客觀的內容，只能是主觀虛構的東西。在章炳麟看來，抽象的觀念有兩種：一種是反映客觀事物的共同性質，即類概念，又稱爲“公言”；一種是不反映客觀事物的性質，不是從特殊中概括出來的。有神論的錯誤，就在於拋棄特殊而空談一般，其所謂一般，不過是主觀虛構的觀念。
他說：“宗教之士，知其宥（指一般）不知其別（指特殊），以杜塞人智慮，則進化之幾自此阻。”
章炳麟的這些議論，又肯定了思維內容的客觀性，認爲它同感覺一樣，是事物的客觀性質在主觀意識中的反映，同樣不是主觀自生的東西。他堅持了從物到思維，從“實”到“名”的唯物主義路線。
他着重論述了理性認識的重要性。他說：算術、琴譜和書本上的理論，如同符號一樣，都是抽象的概念，但它卻可以概括具體的器物，幫助人們掌握具體事物的規律。例如學琴，不去彈琴，而終日講讀琴譜，當然是錯誤的，可是廢棄琴譜，不研究音律，也是不對的。又如讀書，不是說書沒有用處，而是說壞書沒有用處。不區別好書和壞書，對書本知識一概排斥，也是錯誤的。他還指出，不研究事物的普遍規律，不學習抽象的理論，侷限於“水、火、工、虞”等具體事物的一個方面，只知道自己一方面的經驗，其結果就會像中國先秦和古希臘時代的哲學家那樣，把水或火說成是萬物的根源，“舉其樹枝以爲大素”，把特殊的東西當成普遍的原理，學術就不會有進步了。
他還指出，社會歷史現象尤爲複雜，如果不運用理性思維加以分析和概括，“不推其終始，審其流衍”，結果“維綱不舉”，不可能闡明歷史演變的真相，由此他得出結論說：抽象的理論，如哲學道理，只要本於“實事求是”的精神，不發空論，對人事總是有好處的。章炳麟對狹隘的經驗論所作的這些批評，基本上是正確的。但是，他在批評經驗論的同時，自己又犯了另一種錯誤——又把理性認識片面誇大了。他曾引證荀子的話說：只要內心清明，自然會了解事物的規律（“清明內景”）。又說，閒居靜坐，屏除耳目之欲，遠離蚊虻之聲，也可以得到關於事物的規律性的認識。這樣，又把理性認識吹脹了，走向了輕視感覺經驗的道路。
自1906年以後，章炳麟爲了建立他的無神論的宗教，搬出來佛教唯心主義特別是唯識宗的理論體系，又大肆鼓吹起唯心主義的先驗論。1906年年底，他發表了《建立宗教論》，1908年又發表了《四惑論》。在這兩篇文章中，章炳麟打起唯心主義的大旗，公開反對唯物主義和唯物主義的反映論。
他企圖用這種說法來證明唯心主義的先驗論是唯一的真理。他把唯物主義的經驗論和唯心主義的經驗論混爲一談，抹殺了經驗論中兩條路線的根本對立，從而陷入了唯心主義的泥淖。