早在1932年初，蔣介石重新上臺任軍事委員會主席時，就開始以軍事委員會爲基地，大力發展個人勢力。1935年12月，因汪精衛遇刺，蔣介石接任行政院院長，改組行政院，以親信取代汪派骨幹，國民政府最高行政機關再度爲蔣介石掌握。國民政府主席不負實際政治責任，不存在與蔣介石爭權、分權的危險。所以，1935年12月以後，政府組織法上是分權，實際上因蔣介石兼掌行政與軍事而變爲集權。
抗日戰爭爆發後，蔣介石先以戰爭之需，將軍委會權力擴大相當於戰時政府，又在1938年3月國民黨臨時全國代表大會上決議實行領袖制，設一位擁有當年孫中山當總理時的權力的總裁，由蔣介石擔任，黨內會議制不復存在。1939年2月，國防最高委員會成立，蔣介石以國民黨總裁的身份擔任委員長。此爲黨、政、軍一元化的最高領導機關，而且蔣介石可以不必拘於程序，可以便宜行事。蔣介石成爲中國名副其實的領袖。
1943年8月1日，林森逝世。9月13日，國民黨五屆十一中全會選舉蔣介石爲國民政府主席。1931年，公佈的國民政府組織法，關於主席權力、兼職、任期等規定遠遠不適於現狀，必須再改制，於是有了1943年9月對國民政府組織法的修改。1943年以後，隨着蔣介石權力的進一步擴大，政府組織法再做充實，都充分反映了蔣介石的地位的鞏固和權力的擴大。國民黨內沒有任何一派能改變個人獨裁的局面，各種法規也只能起到保護、發展蔣介石個人權力的作用。
蔣介石在訓政實施之時就曾經宣揚，訓政時期不長，將很快過渡到憲政時期。1929年，宣佈訓政期限爲6年，即到1935年便要結束訓政，召開國民大會。九一八事變後，社會各界人士要求國民黨“結束訓政，實行憲政”，國民黨中的某些人士也表示贊同。1933年1月，南京國民政府立法院成立以孫科爲首的憲法起草委員會。同年6月憲法初稿完成後，交蔣介石審查，蔣將初稿中國家體制採用內閣制改爲總統制，由總統負實際責任，並刪去了“軍人非解職後不得當選總統或副總統”的條文，爲自己以後壟斷黨政軍大權創造條件，經過反覆斟酌後擬提請國民黨召開全國代表大會時審議通過。
1935年11月，中國國民黨第五次全國代表大會在南京召開。由於國難當頭，國民黨內外呼籲“立息內爭”，這次大會出席代表爲歷屆最多的一次，顯示了比較團結統一的氣象。蔣介石在發表對外關係演說中表示：“和平未到完全絕望之時，決不放棄和平；犧牲未到最後關頭亦決不輕言犧牲。”這表明蔣介石有可能修改對日政策。大會宣言還提出“開憲治，修內政，以立民國確實鞏固之基礎”，說“國民大會須於二十五年（即1936年）以內召集了，憲法草案並須悉心修訂，裨益致於完善”。大會又通過“切實推行地方自治以完成訓政工作案”、“召集國民大會及宣佈憲法草案”等決議案。
1936年5月5日，國民政府公佈了《中華民國憲法草案》，亦稱《五五憲草》。它共8章148條。這部憲法有以下幾個特點：一是採取權能劃分原則，即中央政權由國民大會行使，中央治權由總統和五院行使；二是總統對國民大會負責，行政院院長與各部會首長均由總統任免，對總統負責；三是國民大會爲中央惟一政權機關。
但到1937年4月，修正後的《國民大會組織法》和《國民大會代表選舉法》又規定對《五五憲草》進行重要刪改，這就大大削弱了“國民大會”的職能，同時還規定國民政府大量增加國民黨指定的國大代表名額。這就表明，熱鬧了幾年的制憲和“還政於民”的表演，實際上是國民黨在新的歷史條件下維持一黨專政的手段。憲草還對地方自治作了一些規定。
儘管如此，蔣介石和國民政府在國民黨五大及其以後表現出的政治傾向還是較積極的，他們採取了一些比較現實的政策，並逐漸向聯共抗日的方向轉變，總的趨勢是有所進步的。在五屆一中全會上，林森當選爲國民政府主席，蔣介石爲行政院院長。在改組行政院時親日派遭到削弱，英美派人物增加，在政府機構中容納了王世傑、翁文灝、蔣廷黻等“學界名流”，表現出一點開明姿態。
蔣介石在“以黨治國”、“以黨馭政”的原則下，國民政府雖名義上總攬中華民國治權，實際上只是政務的執行機關，其中行政院地位比較突出，監察院與考試院的職權行使極不充分，但從總體上講，抗戰前各院的工作相對較爲努力。以立法院爲例，對於各地法典的製成，建立新法律體制貢獻良多，並且制定出政府機構組織法、公務員任用法、郵政法等60餘部法規。
又如南京國民政府在高等文官考試製度方面，也執行得比較認真，在中國現代政治史與現代教育史上留下了積極的一頁。對中國政治與人事制度的改革有一定貢獻。主持考試院的國民黨元老戴季陶和鈕永建極力爲國民黨統治培養需要的人才，在考試院工作過程中，也在一定程度上表現了盡責盡力。
于右任在主持監察院時也曾做一些對違法官吏的懲戒工作。據《國民政府公報》統計，從1932年9月到1937年2月的5個年度裡，中央懲戒委員會共發佈懲戒決議書446件，處分各種違法犯罪官吏690人，其中13人被移送法院審判，對於打擊，淨化社會風氣起了一定作用。
3．強化意識形態管理和特務統治
南京國民政府時期，以一黨專政爲其統治特徵的國民黨，不僅把持着中國的政治、社會與經濟的命脈，而且在意識形態領域內也一手遮天。蔣介石及其政府對意識形態的控制是極具特色的，其控制手法不僅承繼了古代文化的手法，而且滲進了近代法西斯主義文化禁錮的強暴，具有濃重的“黨化”色彩，是這一時期意識形態控制上最突出的特色，也是國民黨一黨專政不可或缺的一環。蔣介石對意識形態的控制主要體現在以下幾個方面：
一是強化思想管制。蔣介石認爲三民主義是衡量一切思想意識正確與否的標準。蔣介石認爲三民主義爲中國惟一的思想，不應該有第二個思想來擾亂中國。1928年10月，國民政府頒佈的《中華民國訓政綱領》中規定：“中華民國人民必須擁護國民黨”，國民黨在其認爲必要時，可對民衆的言論、出版等自由權，“在法律範圍內加以限制”。爲了達到控制民衆思想的目的，蔣介石國民政府在定都南京後不久就開展了“民衆訓練”運動。1928年7月通過的《民衆訓練大綱》中，第一項即爲思想的訓練，強調對普通民衆必須灌輸三民主義，使之認識並信仰本黨是國民革命進程的惟一參謀部和領導者。
20世紀30年代初，蔣介石在“圍剿”紅軍時對蘇區開展了“特種教育”運動。爲兒童開設特種小學，以達到“改造其心理”的目的，對於成人也實施特種教育，對其進行思想改造。對於的革命思想，蔣介石視如洪水猛獸，力求消弭這些思想的影響，以穩固自身的政治基礎。抗戰爆發後，蔣介石藉口抗戰救國，公開宣稱只有“舉國一致信仰三民主義”，方可外御國侮。爲了鎮壓那些思想自由的始作俑者，1936年2月，國民政府頒佈了《維護治安緊急辦法》，規定：遇有以文字、圖畫、演講或其他辦法“進行擾亂秩序、鼓煽暴動”的宣傳者，可以武力彈壓。而與此同時，蔣介石的言詞、著作、講演集卻充斥城鄉。爲了防止民衆思想“混亂”，1937年國民政府制定的《民衆讀物改進方案》中明確指出，思想必須統一。所有民衆讀物，以三民主義爲根本出發點，不許有其他思想言論出現。
二是加強文化圍剿。在文化領域，蔣介石同樣打着三民主義的招牌。政治的介入，使得文化界的活動均被打上了青天白日的烙印。從20世紀20年代末到30年代初，爲了完善對文化的掌握和統制，南京國民政府先後制定_r一系列有關法律，對各種羣衆團體的成立、組織、活動施以苛刻的限制。1928年3月初，國民政府公佈了《暫行反革命治罪法》，規定：“凡以反革命爲目的的團體或集會者，均屬違法。”1930年1月23日，國民黨中常會通過了《文化團體組織原則》，硬性規定：“文化團體不得於三民主義及法律規定之範圍以外爲政治運動。”1931年1月出臺的《危害民國緊急治罪法》中規定：“以危害民國爲目的而組織團體或集會或宣傳與三民主義不相容之主義者，處五年以上十五年以下有期徒刑。”1930年12月，國民政府首次公佈的《出版法》中，就明文規定出版物不得損害國民黨的利益，有關政治的傳單或標語的印刷需得到審批機關的認可。
三是教育的黨化。南京國民政府以三民主義作爲整個教育的指導方針，因此，國民政府時期的教育被塗上了很濃重的“黨化”色彩。控制教育，首先就要樹立一個官方的教育宗旨。1929年3月，國民黨三大明確規定其教育宗旨爲“三民主義之國民教育”。同年，“三民主義爲中華民國教育之根本原則”又被寫上了《中華民國臨時約法》。在這種思想指導下，國民政府在教育界的頭等大事，就是嚴格控制教師、學生的思想傾向。因此，實行“黨義”教育、灌輸三民主義的思想、催化意識，就成了國民政府貫徹國民黨教育宗旨的第一步。爲此，全國各級學校普遍設立了“黨義”課程，由指定的黨義老師講授，黨義課程成了衡量學生政治上過關與否的重要標誌。
在實施“訓政”期間，蔣介石還吸取運用歷代封建統治者以及德、意等國法西斯的經驗和措施，建立了龐大的特務系統，加強對國民黨、國民政府和軍隊的控制，嚴密防範、鎮壓的活動，強化對民衆的統治。蔣介石在大陸組建特務統治主要可以分爲四個階段。
第一階段：從1927年4月到1932年3月，這是特務組織的組建時期。1928年初，蔣介石授意陳立夫、陳果夫，把“浙江革命同志會”改組爲“中央俱樂部”，從而形成了以二陳爲中心的CC系特務系統，並在國民黨中央組織部成立了一個“黨務調查科”，在各省、市、縣設置“肅反專員”，專門從事破壞組織和打擊異己的特務活動。爲了使特務政治法制化，1930年召開的國民黨第三屆中央執行委員會第四次全體會議，規定了特務組織的職責、範圍及其隸屬關係。1931年，蔣介石在其“南昌剿匪總部”設立了諜報科，以鄧文儀爲科長。1932年，又在南京設立“特工總部”，徐恩曾爲主任。這樣，蔣介石控制的特務組織就頗具規模了。
二陳是蔣介石的恩師陳其美的侄子，南京政府成立時，陳立夫兼任訓練總監部政訓處處長。在國民黨三大上，陳立夫出任實際上的中央組織部長，陳果夫出任中央黨部秘書，控制了國民黨的黨務大權並形成了CC系的雛形。蔣介石第一次下野時，二陳組織起“中央俱樂部（CC系）”，集合了一批擁蔣力量，準備迎蔣上臺。以後CC系成爲黨內主流勢力，與軍事系統的黃埔系、行政系統的政學系、財經和外交系統的孔宋系一樣，深受蔣介石的信任，成爲蔣介石統治的四大支柱之一。
國民黨中央組織部調查科存在的8年問，先後由陳立夫、張道藩、吳大鈞、葉秀峰、徐恩曾任科長，顧建中任組織總幹事，王傑夫爲訓練總幹事，樑輔丞爲情報總幹事。國民黨三大時，中央組織部黨務調查科擴編爲黨務調查處，處長爲徐恩曾。1932年，在第一處的基礎上，又成立了“特工總部”。
這一時期特務組織的主要任務是監視在國共合作統一戰線時期加入國民黨的黨員的行蹤，研究如何對付的活動。到1930年間又增設言文組，專門研究公開資料，對社會上出版的各類報刊，分成政治、經濟、軍事、文教四部分進行整理，把任何對國民黨、蔣介石和南京政府的批評及不利的言論都將及時送到最高領導層。
第二階段：1932年3月至1938年4月，是復興社時期。1932年5月，何應欽的秘書劉健羣建議蔣介石，可仿照墨索里尼的“黑衫黨”、希特勒的“褐衫黨”，建立“藍衣社”（所有成員均着藍衣）。蔣十分讚賞，只是考慮到那兩個黨的名聲太臭，不想採用近似的“藍衣社”名稱，而要取一個能迷惑人心的名字。於是打着“復興中華民族”的旗號，成立所謂中華民族復興社，簡稱復興社。復興社的核心組織叫“力行社”，系由當時自詡爲“黃埔中堅”的一些分子組成。其名稱來自於蔣介石的“力行哲學”一語。蔣介石親任社長，其成員須經蔣親自審批，故人數不多，僅50多人，核心成員13人，有所謂“十三太保”之稱。