逼得流寇們不得已退守到湖廣承宣布政使司襄陽府均州，還被流寇降將，明河南府副總兵：劉國能，帶頭前來招安流寇：李萬慶，本部。
他親自率領本部連營百里，奪民麥草以自給。
但明援剿總兵：左良玉，卻不信？他剛要率兵剿滅投降流寇，就被明陝西總鎮巡撫：汪喬年，給攔住還勒令不得斬殺，並接受招降，授封流寇將領：李萬慶，爲「均州守備」。
其餘流寇們渡河，分別東走汝寧府光山縣、商城縣，南走黃州府。
5月18日，由於各路官員不斷上奏彈劾張獻忠有不臣之心，尤其是明谷城縣知縣：阮之細，經常上奏。
這也讓明五司總督：熊文燦，有些害怕了，他想了一個妙計，那就是向張獻忠借兵出剿流寇，以此來分散他的兵力。
也好讓其餘流寇們憎恨張獻忠，迫使他不得不真心歸明，替朝廷賣命。
怎奈張獻忠今日拖明日、明日再拖後日，待到後日又有新的理由了，說什麼自己的兵沒有戰力不堪重負，以及自己並不知道革左五營的下落，如若發現定當上報，並且第一時間出兵剿滅。
就這樣一拖到了6月初9日，關外的東虜建奴韃子基本上已經退出中原了，故此可以騰出手來專心對付反賊們了。
於是明兵部尚書：楊嗣昌，下了密令讓明五司總督：熊文燦、明援剿總兵：左良玉、明中軍總兵：羅岱，悄悄幹掉張獻忠。
這讓早就恨不得把老張千刀萬剮了的左總兵，這下終於可以如願以償了。
但是消息卻不幸走漏風聲，讓張獻忠的耳目打聽到了情況，他首先在6月17日，開始反叛，出兵攻佔了谷城縣縣衙，並且打開糧倉、釋放囚犯。
還活捉了明谷城縣知縣：阮之細、明湖廣總鎮巡按：林銘球、明谷城縣監軍：張大經，讓他們上奏朝廷封他爲大官。
可明谷城縣知縣與明湖廣總鎮巡按卻，寧死不從，因爲早就知道他會造反的，故此就一直破口大罵，也因此被張獻忠一刀砍殺！
隨後張獻忠知道此地不宜久留，便在離開谷城縣時，把官府上下的大小官員們，向他勒索的名單和數量以及時間，都詳細地寫在城內外的牆壁上，讓百姓們瞭解大明官員的腐朽和貪污（此事有可能是張獻忠的嫁禍？出自明史）。
分別有；明五司總督：熊文燦，索要馬蹄金一千兩、珍珠串一斗、奇珍異寶一箱，明湖廣總鎮巡按：林銘球，索要白銀五百兩、器械一百捆，明谷城縣監軍：張大經，索要金錠二百兩、玉器一斗，明谷城縣知縣：阮之細，索要糧餉一百石、良田三十畝…唯有明湖廣總鎮分巡襄陽道兵備僉事：王瑞栴，此一人不受賄賂。
很快隔壁湖廣行都指揮使司鄖陽府房縣的羅汝才，在聽說西營八大王：張獻忠，反了之後，他立刻就號召了九營農民軍們一併響應造反。
7月初1日，兩夥流寇合兵於鄖陽府房縣，而農民軍：老回回（馬守應）也起兵，嚇得明五司總督：熊文燦，連忙讓明援剿總兵與明中軍總兵一起追殺過去。
西營八大王：張獻忠，聽了軍師：潘獨鰲，的計策，將大軍埋伏在鄖陽府房縣以西的羅猴山上張網布陣，並派出一支隊伍佯攻敗退，引誘明軍入山。
在出伏兵圍攻，打得明軍一萬多人全部潰散！
混亂中明中軍總兵：羅岱，被活捉，明援剿總兵：左良玉，則丟盔棄甲，騎馬落荒而逃，就連總兵軍符印信也丟失了。
使得朝廷大怒，下令把明援剿總兵：左良玉，降職，讓他戴罪殺敵。
8月13日，明毅宗：朱由檢，則命明東閣大學士兼兵部尚書：楊嗣昌，負責督師剿賊，並御賜〈尚方寶劍〉與督師金印，給帑金四萬兩，賞功牌一千五百塊，賜蟒紵緋絹各五百匹。
9月初6日，明東閣大學士兼兵部尚書：楊嗣昌，就向皇帝陛下辭行。
明毅宗親自設宴於皇城太廟街門的龍德殿內，席間明兵部尚書手持酒爵，賜詩慶祝自己能夠早日凱旋而歸，並在京師祭拜了文廟與武廟，在集合兵力十萬人，殺牛羊祭旗，並攜帶軍餉二百一十萬兩開始南征。
10月初8日，明兵部尚書到達湖廣承宣布政使司襄陽府，就命令北鎮撫司錦衣衛緹騎（校尉）直接入罪臣熊文燦軍中，逮捕熊文燦入京處死。
隨後封左良玉爲「平賊將軍」，恰好明平賊將軍：左良玉，本部多爲流寇降將，故此明兵部尚書認爲，可以用來打壓以及勸降流寇。
另一邊的農民軍：老回回（馬守應）、革裡眼（賀一龍）、左金王（賀錦）等南營四股兵馬合兵二萬人，分屯於南直隸廬州府英山縣、霍山縣、安慶府潛山縣、太湖縣，意圖進犯安慶府桐城縣。
明汝寧府副總兵：黃得功、明黃州府左參將：杜先春，兩人屢戰屢克流寇賊兵，迫使流寇軍中死者甚多，不得不從黃州府蘄州尋找或攜帶藥囊蓍蔡爲醫卜，或扮作乞丐、戲子入州府縣內打探虛實。
之後纔敢出兵於黃州府境內劫掠糧草，並藏身在大山之中。
11月12日，南北直隸兩京、河南承宣布政使司、山東承宣布政使司、山西承宣布政使司，等地相繼出現大旱。
讓地方官府衙門很是頭疼，加之救災錢糧一時間調不過來，導致百姓飢餓，從賊者甚多。
明崇禎十三年公元1640年正月14日，流寇西營八大王：張獻忠，因起兵造反，他知道明湖廣總鎮巡撫：方孔照，有所準備，所以不敢南下，只得引兵西進。
但是明湖廣總鎮巡撫卻在承天府荊門州、當陽縣，一帶負責阻擊。
明軍分別在當陽縣來家河堡、神通堡，等地打敗了西營八大王，迫使流寇退兵屯駐荊州府歸州興山縣。
這讓荊州府歸州藩地的明惠安親王：朱常潤，顯得非常不安，他連忙傳令長寧守禦千戶所戒備。
此時明兵部尚書兼東閣大學士督師：楊嗣昌，傳令湖廣行都指揮使司、湖廣都指揮使司、四川都指揮使司，三路明軍會師夾攻西營八大王，讓他連夜拔營逃走。
但明湖廣總鎮巡撫料他狡詐，特此下令原地駐防不可移動，但已有二位將官迫於明兵部尚書的命令率兵出擊，行至荊州府遠安縣香油坪中計，遭到流寇圍攻潰敗。
由於明兵部尚書在命令軍隊進擊的同時，令明湖廣總鎮巡撫進駐在襄陽府，而襄陽府距離荊州府遠安縣香油坪有800裡。
當聽到軍隊被圍的消息後，明湖廣總鎮巡撫又讓湖廣行都指揮使司、四川都指揮使司兩處衛所軍趕赴救援。
但兩軍又被明兵部尚書調往別處，只得率部1千人兼程前去，在趕至鄖陽府竹山縣時，才得知官軍已在6天前，就被羅汝才部流寇打敗。
由於孤軍深入被流寇圍攻受創，再加上本來明兵部尚書主撫，只有明湖廣總鎮巡撫與其有意見分歧，故此這次戰敗實由明兵部尚書調度失宜所致。
但他卻反藉此機會，上奏彈劾明湖廣總鎮巡撫貽誤軍機，並逮捕其下獄！
改命明鄖陽府巡按：宋一鶴，代替湖廣總鎮巡撫職位，另外讓明永州府推官：萬元吉，爲監軍。
還以兵部的命令發佈了通緝令〈能擒拿張獻忠者，賞白銀五千兩，子孫世襲北鎮撫司錦衣衛指揮使，落款；大明兵部〉
這讓流寇：西營八大王（張獻忠）得知此事後，也針鋒相對的發佈了通緝令「能擒拿楊嗣昌者，賞銀三錢，落款；你張大爺」
同時明兵部右侍郎兼陝西三邊總督：鄭崇儉，繳榜讓返回陝西行都指揮使司途中的明甘肅總鎮總兵：柴時華，南下跟隨自己去剿賊，但他卻不從！
於是明陝西三邊總督：鄭崇儉，就傳檄讓明援剿總兵：賀人龍、明陝西總鎮總兵：李國奇，等將領，率領陝西都指揮使司精銳邊軍從西安府出兵。
途中明陝西總鎮總兵的隊伍到達漢中府寧羌州略陽縣時，因士兵們起鬨搶劫了明瑞安親王：朱常浩，的田租。
使得明瑞安親王下令讓瑞親王府儀衛司與瑞親王府護衛指揮使司，傳詔陝西提刑按察使司抓捕明陝西總鎮總兵官，讓李國奇因此事被免去職位。
也害得明陝西三邊總督因管教不利，被貶官一級！
2月10日，明陝西總鎮巡撫：鄭崇檢，率領明援剿總兵：賀人龍、明陝西右參將：李國奇，等部將到達四川承宣布政使司會同明平賊將軍：左良玉，合兵在夔州府太平縣「瑪瑙山」上。
以流寇降將明河南府副總兵：劉國能，帶領一批明軍，假扮成農民軍運糧隊伍上山，在配合明軍大敗流寇，斬獲一千三百三十三人，收降流寇將領二十五人，得到不計其數的兵器和馬騾。
打得流寇：西營八大王（張獻忠）只剩下十個人落荒而逃。
雖然是明陝西總鎮巡撫親自指揮作戰，而明兵部尚書卻遠在襄陽府，但等到評定功績時，封賞的一半功勞卻歸了明兵部尚書，只讓明陝西總鎮巡撫：鄭崇檢，升官一級，恢復以前所降的那一級罷了！
朝廷則賞明兵部尚書：楊嗣昌，餉銀萬兩黃金、賜「鬥牛服」又賜海騮馬一匹、棗騮馬一匹、金鞍二塊，命他駐守襄陽府調兵會剿，以陝西承宣布政使司興安守禦千戶所一路爲主，斬明漢中府監軍：殷太白。
而農民軍：曹操（羅汝才）趁機掠奪河南承宣布政使司汝寧府信陽州、光州。
3月17日，明兵部尚書：楊嗣昌，到達承天府荊門州，設立剿賊大本營，以新募湖廣承宣布政使司殺手二千人隸屬，更以各州府縣土司騎兵爲上將營，新招撫降丁皆隸從，以明薊州總鎮中協總兵：猛如虎，爲主將。
4月初4日，罷除明鄖陽府巡撫：王鰲永，官職，以略懂軍事戰機的明都察院右僉都御史：袁繼鹹，代替。